Kun eliöön on siirretty geenejä muista lajeista, puhutaan geneettisesti muunnellusta organismista eli GMO:sta. Tällaista, eri lajien välistä geenisiirtoa kuvaa tomaatti, johon on siirretty kampelalta kylmänkestävyyttä parantava geeni. Geenisiirroilla voidaan parantaa viljelykasvien kestävyyttä kasvitauteja, tuhohyönteisiä, epäedullisia kasvuolosuhteita ja rikkaruohomyrkkyjä vastaan. Eläinjalostuksessa geenisiirtoja ei ole tehty, vaikka geenien siirtäminen eläinlajien välillä onkin mahdollista. Esimerkiksi Suomessa syntyi 1990-luvulla Huomen-niminen lehmä, jonka geeneihin oli siirretty ihmisen punasolujen kasvutekijän (dopingaineena tunnetun EPO-hormonin) geeni. Eläinten kloonaaminen on mahdollista, ja maailmassa on kloonattu useita kymmeniä eläinlajeja.

Geenimuunneltuja eli GM-kasvilajikkeita on kehitetty useita kymmeniä. Tärkeimpiä geenimuokattuja viljelykasveja ovat maissi, soija ja rapsi. Näitä käytetään sekä ravintona että eläinten rehuna jo melko laajasti. Valtaosa maailmassa viljellystä soijasta on jo ns. GM-soijaa. Suomessakin osa eläinten rehuna käytettävästä soijasta on geenimuunneltua. GM-rehulla kasvatetut eläimet eivät kuitenkaan ole geenimuunneltuja, sillä rehu hajoaa eläinten ruoansulatuksessa. Geenimuunneltujen kasvilajikkeiden avulla on toivottu apua maailman ruokapulaan ja kehitysmaiden ihmisten nälkäongelmaan. 1990-luvulla kehitetyssä ns. kultaisessa riisissä on siirrettynä A-vitamiinin esiastetta tuottava geeni. A-vitamiinin puutos aiheuttaa sokeutta ja vajaakehitystä.

Toisaalta GM-siemenet samoin kuin niiden viljelyyn tarvittavat lannoitteet ja torjunta-aineet ovat monikansallisten yhtiöiden patentein suojaamia. Niitä käyttävät viljelijät ovat täysin riippuvaisia näiden yritysten hinnoittelusta ja määräyksistä.

Geenitekniikan käyttämisestä ruuan tuotannossa on voimakkaita mielipiteitä. Jotta asiaan voisi ottaa perustellusti kantaa, pitää ymmärtää geenien toiminnan periaatteista sekä tuntea tarkasti ne ekosysteemit, joissa geenimuunnellut lajit ovat ravintoketjujen osina.