Elintarvikkeiden valmistuksessa käytetään monia hiivoja (eli yksisoluisia sieniä), bakteereita ja homeita. Vanhin biotekniikan sovellutus, jota ihmiskunta on käyttänyt, lienee hedelmämehun käyttäminen viiniksi. Sopivissa olosuhteissa eli lämpötilassa ja happipitoisuudessa sokeripitoinen neste alkaa hiivasienten ansiosta käydä.

Toinen vanha tapa on ollut hapattaa maitoa pidempään säilyväksi piimäksi. Jogurttien ja juustojen valmistuksessa käytetään maitohappobakteereita, jotka lisääntyessään hapattavat maidon sopivasti. Kuuluisia hapatettuja herkkuja ovat mm. hapankaali ja hapansilakka. Niinkin arkipäiväinen asia kuin leivinhiiva on biotekniikkaa. Leivinhiiva on sieni, joka sopivassa lämpötilassa hajottaa taikinan sokereita ja näin tuottaa itselleen energiaa ja jätteenä hiilidioksidia, joka nostattaa taikinan kuohkeaksi. Homejuustoja valmistettaessa maitoon sekoitetaan tarkasti valittu ja kasvatettu homekanta. Homettamalla syntyy myös indonesialaisherkku tempeh. Laktoosi-intoleranssista kärsivät käyttävät maitoa, jonka sisältämä laktoosi on pilkottu laktaasi-entsyymillä.

Ruotsalainen perinneherkku hapansilakka, valmistetaan käyttämällä silakkaa suolavedessä.