Paitsi kasveja, ihminen on jalostanut myös kotieläimiä. Valintaa on tehty samoilla tavoilla: valitsemalla yksilöitä, joilla on hyvät ominaisuudet ja risteyttämällä jälkeläisiä. Lemmikeissä, kuten koirissa, on valikoitu erilaisia ulkonäköön ja -muotoon tai metsästykseen liittyviä ominaisuuksia ja kehitetty hyvinkin paljon toisistaan poikkeavia koirarotuja.

Koti- ja tuotantoeläimissä on haluttu kehittää hyödyllisiä ominaisuuksia, kuten lehmien maidontuotantoa, lihaeläinten nopeaa lihaskasvua tai lampaanvillan ominaisuuksia. Kotieläinten jalostuksessa yksilöiden ominaisuudet kirjataan tarkasti ylös, ja hyviä jälkeläisiä tuottavalla siitossonnilla voi olla tuhansia jälkeläisiä. Tavallisimmin käytetään keinosiemennystä pakastetulla spermalla. Hyvät ominaisuudet omaavia nautayksilöitä voidaan lisätä vielä tehokkaammin alkionsiirrolla, jossa keinohedelmöitettyjä alkioita tuotetaan kymmenittäin ja siirretään toisiin lehmiin kehittymään. Geenikartoitusta käyttämällä voidaan jalostukseen valita emät ja isät vielä täsmällisemmin ja yhä useamman ominaisuuden suhteen.