Asutusta Perussa on ollut jo noin 10 000 vuotta. Noin 3 000 vuotta sitten maassa oli korkeatasoista kulttuuria ja rakentamista, muun muassa kastelumenetelmiä hyödyntävää maataloutta, savitöitä ja kudottuja tekstiilejä. Alueella asui monia heimoja, joista inkat rakensivat innokkaasti maahan teitä ja kaupunkeja.

Tunnetuin kaupunki lienee Urumban laakson Machu Picchu. Machu Picchua, inkojen muinaista kaupunkia, alettiin rakentaa noin vuonna 1440 yli 2 400 metrin korkeuteen. Noin sadan vuoden kuluttua espanjalaiset valtasivat Perun alueen. Samoihin aikoihin Machu Picchu hylättiin. Syytä hylkäämiseen ei tiedetä, koska espanjalaiset valloittajat eivät kuitenkaan tuolloin löytäneet kaupunkia. Virallisesti tämä hylätty inkakaupunki löydettiin vasta 1900-luvun alussa, vaikka ilmeisesti muutamia ihmisiä siellä olikin käynyt jo aiemmin.

​​