Tenholan kirkkoherra Jonas Petraeus ilmiantoi Kaisa Matintyttären noituudesta, minkä vuoksi hänet saatettiin oikeuteen. Kaisa Matintytärtä syytettiin noitatemppujen harjoittamisesta sekä kirkkoherran loukkaamisesta. Kaisa Matintytär oli haukkunut kirkkoherraa punapartaiseksi koiraksi, kun tämä oli saarnatuolissa varoittanut häntä taikuuden harjoittamisesta. Kaisa Matintyttären sisko Helga kutsuttiin oikeuteen todistamaan. Vastahakoinen Helga kertoi arvelevansa, että hänen sisarensa harjoitti noitatemppuja. Kaisa Matintytär kielsi kaikki häneen kohdistetut syytteet, mutta silti hänet tuomittiin kuolemaan. Näin kuvaa suomalainen noituuden tutkija erästä noitaoikeudenkäyntiä Suomessa 1600-luvun lopulla.

Noitavainoihinkatolisen ja protestanttisen kirkon vainot noituudesta epäiltyjä vastaan Euroopassa noin vuosina 1400–1700 oli useita syitä. Niiden kiihtyminen liittyi kriiseihin ja onnettomuuksiin, kuten kulkutauteihin tai katovuosiin, jotka aiheuttivat ihmisissä pelkoa ja epävarmuutta. Vastoinkäymiset oli helpompi ymmärtää, kun niille löydettiin “syylliset”. Myös ihmisten voimakas usko yliluonnollisiin asioihin vaikutti noitavainoihin. He uskoivat helposti tarinoita noitien uhreiksi joutuneista ihmisistä, ja ajoittain noitapelko levisi massahysteriaksi. Noitavainoja on selitetty myös sillä, että reformaation seurauksena katolinen kirkko olisi tiukentanut otettaan ihmisistä. Noitavainot olisivat siis olleet kerettiläisyyden kitkemistä. Uudempi tutkimus on kuitenkin korostanut, että suurin osa noitavainoista pantiin toimeen protestanttisissa maissa.

Noituudesta syytetyn oli vaikea todistaa viattomuuttaan. Oikeudenkäynnit olivat pääosin salaisia, eivätkä syytetyt saaneet oikeusapua puolustautuakseen. Kidutuksen käyttö kaikkia syytettyjä, myös kerettiläisiä vastaan oli sallittu 1200-luvulla, mutta siihen turvauduttiin vasta sitten, kun tutkijat eivät olleet löytäneet tarpeeksi todisteita. Kidutusmenetelmänä on mainittu esimerkiksi syytetyn nostaminen väkipyörän avulla ilmaan kädet selän taakse sidottuina. Kuulusteluvälineinä oli myös erityisiä kojeita, jotka venyttivät ja pusersivat kuulusteltavaa. Vesikokeessa syytetty heitettiin veteen, ja mikäli hän pysyi pinnalla, hän oli syyllinen. Jos syytetty oli lähellä hukkumista, hänet yritettiin pelastaa.

Jos syytetty ei tunnustanut kidutuksen jälkeenkään, saatettiin hänet silti tuomita noituudesta, koska ilman taikuutta ja perkeleen apua uskottiin olevan mahdotonta kestää kuulusteluja. Syyllisiksi todetut noidat poltettiin roviolla.

Noitaoikeudenkäynneissä, joita Euroopassa oli useita kymmeniä tuhansia, 80 prosenttia syytetyistä oli naisia. Poikkeavasti käyttäytyneet, erakkona asuneet, köyhät sekä jumalanpalveluksen laiminlyöneet olivat tyypillisiä noituudesta syytettyjä. Myös lapsia syytettiin noituudesta, koska noituuden uskottiin olevan periytyvää. Vuosina 1400–1700 noin 40 000–50 000 ihmistä poltettiin roviolla noitana. Korkeampiakin lukuja on esitetty. Myös noitavainojen kauheuksia ja raakuuksia on kirjallisuudessa paisuteltu.

Noitaoikeudenkäynnit päättyivät Euroopassa vasta 1700-luvun alussa, uskonsotien hiipuessa. Myös tieteen vallankumous sekä valistuksen korostama järjen käyttö ja yliluonnollisten asioiden arvostelu alkoivat muuttaa ihmisten maailmankuvaa ja asenteita. Kritiikkiä noitavainoja kohtaan oli esitetty kaiken aikaa, mutta vainojen lisääntyessä kritiikki kasvoi. Monet kirkonmiehetkin todellisuudessa inhosivat vainoja, vaikka perinteisesti kirkkoa on syytetty niistä.