Omenan siemenestä kasvava omenapuu on aina ainutlaatuinen yksilö, jollaista ei ole olemassa missään muualla.

Omenapuu kuuluu koppisiemenisiin kasveihin, joilla siemen kehittyy emin sisällä. Koppisiemenisillä kasveilla emistä muodostuu siementen ympärille niitä suojaava hedelmä.

Omenapuun tekemät omenat ovat kuitenkin kasvitieteellisesti määriteltyinä pohjushedelmiä (eli epähedelmiä), koska omenan syötävä osa, malto, muodostuu omenan kukan turvonneesta kukkapohjuksesta. Varsinainen omenan hedelmä (osa joka syntyy emin sikiäimestä), on siementen ympärille muodostunut siemenkota.