Mikroskoopit tuovat nimensä mukaisesti näkyville kohteita, jotka ovat paljaalle silmälle liian pieniä.

Nykyisin on olemassa suuri joukko erilaisia mikroskooppeja. 

Jopa yksittäisiä molekyylejä voidaan nähdä nykyisillä atomivoimamikroskoopeilla.

Se, millaista mikroskooppia tarvitaan, riippuu käyttökohteesta. Suurin mahdollinen suurennos ei useinkaan ole päämäärä, vaan kohteen mahdollisimman selvä näkeminen.

Jos tutkittava kohde on paksu ja valoa läpäisemätön, sitä tutkitaan preparointimikroskoopilla. Siinä kohde valaistaan päältä päin ja näkymä on kuin katsoisi tehokkaalla suurennuslasilla.

Oheisessa kuvassa on saniaisen kehittyviä itiöpesäkkeitä.

Läpivalaisumikroskooppia käytetään, jos halutaan katsoa esimerkiksi soluja ja solukoita.

Näytteiden tulee olla hyvin ohuita, jotta valo tulee hyvin näytteen läpi.

Joihinkin mikroskooppeihin on kytkettävissä digitaalinen kamera, jolla kuvia voidaan ottaa tietokoneelle. Myös matkapuhelimen kameralla voi vakaakätinen tutkija ottaa kuvia toisille näytettäväksi.

Oheisessa mikroskooppikuvassa on kasvisoluja.