Kalanviljelyn lisääntyessä, myös kalanviljelyä haittavaat kalataudit yleistyvät. Elävien kalojen, mädin, ihmisten ja tavaroiden globaali liikenne edesauttaa tautien leviämistä laitosten, maiden ja jopa mantereiden välillä. Uusia taudinaiheuttajia löydetään ja vanhat taudinaiheuttajat muuntuvat. Kalatautien vastustaminen on taistelua näkymätöntä ja lisääntyvää vaaraa vastaan, jossa keskeistä on uhan tunteminen, arvioiminen ja estäminen.  

Tarkoin säädeltynä ja osittain suljettuna systeeminä kiertovesilaitoksilla on teoreettinen mahdollisuus estää taudinaiheuttajien pääsy laitokseen. Käytännössä mikrobien ja pieneliöiden 100% poistaminen kaikesta laitoksen sisään tulevasta materiaalista vaatisi erittäin huomattavia järjestelyjä. Lisäksi tällaisella 100% tautivapaalla laitoksella tulisi olla oman tautivapaan ja suljettu emokalasto, eli koko tuotantokierron tulisi tapahtua saman eristetyn laitoksen sisällä. On siis käytännöllisempää elää samassa mikrobiologisessa arjessa muiden vesiviljelylaitosten kanssa, kuitenkin ylläpitäen erittäin korkeaa hygieniatasoa.

Täten tämän päivän kiertovesilaitosten kalataudit eivät juurikaan poikkea perinteisen vesiviljelyn kalataudeista. On kuitenkin huomioitavaa, että osittain suljettuna ja hallittavan tulovesimäärän laitoksina, kiertovesilaitoksilla on mahdollisuus vähentää ulkoa tulevaa tautipainetta. Toisaalta, mikäli kalatauti kuitenkin pääsee laitokseen ja puhkeaa kaloissa - voi siitä olla haastavampi päästä eroon sillä taudinaiheuttaja kulkeutuu kiertovesilaitoksissa kaikkialle putkistoon ja vedenkäsittelylaitteistoihin. Kiertovesilaitoksessa patogeenit pääsevät kumuloitumaan nopeasti, joten tautien ennaltaehkäisy on erittäin tärkeää.


Bakteeriperäiset taudit 
Bakteeriperäisiä kalatauteja aiheuttavat useat eri bakteerisuvut ja niiden eri lajit. Bakteerien taudinaiheuttamiskyky vaihtelee lajeittain ja jopa saman bakteerilajin eri kantojen välillä. Bakteerit aiheuttavat taudinpurkauksia päästessään kalan elimistöön, jossa ne lisääntyvät ja aikaansavat tulehdusreaktion. Kalan oman puolustusjärjestelmän synnyttämän tulehdusreaktion sekä bakteerien lisääntymisen, leviämisen ja niiden aineenvaihduntatuotteiden yhteisvaikutuksena kaloilla esiintyy oireita, josta tartunta voidaan havaita. Yleisimpiä ja usein ensimmäisiä oireita ovat kalojen tummuminen, apaattisuus ja silmien pullistuminen. Tautien edetessä esiintyy kalojen iholla verestymiä ja haavaumia sekä lisääntynyttä kuolleisuuutta. Toisinaan varsinkin pienillä poikasilla bakteeritaudit saattavat tappaa kalan ilman ulkoisia merkkejä. Tarkemmat kuvaukset Suomessa esiintyvistä bakteeritaudeista voi lukea Terve kala verkkojulkaisusta Terve kala  Lisäksi on hyvä muistaa että bakteereja esiintyy kaikkialla ja vain pieni osa bakteereista on kaloille haitallisia. Silti on mahdollista, että sekundääriset taudinaiheuttajat voivat kiertovesijärjestelmässä (biofiltterit, putkistot jne) eläessään muuntua/ kehittyä patogeenisiksi ja aiheuttaa kalakuolemia.

Alle on listattu yleisimmät Suomessa esiintyvät bakteeritaudit. Näistä vibrioosi on selkeästi meri- ja murtovedessä esiintyvä tauti, joten sen puhkeaminen makeanveden kiertovesilaitoksessa on epävarmaa. 

• Paisetauti (ASS) eli furunkuloosi, aiheuttaja Aeromonas salmonicida ssp.salmonicida bakteeri
  
• Epätyypillinen Aeromonas salmonicida (ASA), aiheuttaja paisetauti-bakteerista poikkeavat Aeromonas salmonicida bakteerikannat

• Yersinioosi, aiheuttaja Yersinia ruckeri bakteeri

• BKD eli bakteeriperäinen munuaistauti, aiheuttaja Renibacterium salmoninarum bakteeri

• Flavo eli kylmän veden tauti, aiheuttaja Flavobacterium psychrophilum bakteeri

• Kolumnaaritauti, aiheuttaja Flavobacterium columnare bakteeri

• Vibrioosi, aiheuttaja Vibrio anguillarum bakteeri

Virusperäiset taudit 
Virusperäisiä kalatauteja aiheuttavat useat eri virukset ja niiden eri kannat ja alatyypit. Virukset ovat "elottomia" DNA ja RNA yhdisteitä, jotka päästessään kalojen soluihin muuttavat ne virustehtaiksi. Nämä muutokset solujen aineenvaihdunnassa sekä kalan oman puolustusjärjestelmän aikaansaama tulehdusreaktio synnyttävät kaloissa havaittavia oireita, jotka voivat vaihdella lievästä haitasta kuolemaan. Usein poikaset ovat herkimpiä ja kuolleisuus on tartunnan yhteydessä huomattavaa. Isommilla kaloilla tartunta saattaa näkyä vain lievänä hyvinvoinnin heikentymisenä (esim. kasvun alenema), mutta samalla ne toimivat viruksen kantajina ja levittäjinä. Kaikki kaloista löydettävät virustartunnat eivät johda kalataudin syntyyn, vaan osa viruksista elää kalassa ilman näkyvää haittaa. Virustauteja on oireiden perusteella vaikea erottaa bakteeritaudeista. Oireet ovat sairauden edetessä samankaltaisia eli kalojen tummuminen, apaattisuus ja silmien pullistuminen.Toisaalta jos kaloja tarkastellaan huolellisesti esimerkiksi IHN:n ja VHS:n ensimmäisiä oireita ovat kudosverenvuodot ja epänormaali käytös viruksen levitessä kalan hermostoon. Tarkemmat kuvaukset virustaudeista ja niiden oireista voi lukea Terve kala verkkojulkaisusta Terve kala 

Alle on listattu virustauteja. Suomesta on löydettyjä VHS, IPN, IHN ja PRV-viruksia. 

• VHS eli virusperäinen verenvuotoseptikemia, aiheuttaja rhabdovirus

• IHN eli tarttuva vertamuodostavan kudoksen kuolio, aiheuttaja rhabdovirus

Kuvat (c) Peter Dixon (vas.) & Fish Site (oik.)

• IPN eli tarttuva haimakuoliotauti, aiheuttaja aquabirnavirus

Kuva (c) Ling Zhu

• PRV eli ahvenen rhabdovirus, aiheuttaja rhabdovirus

• ISA eli tarttuva lohen anemia, aiheuttaja orthomyxovirus

• PD (pancreas disease), aiheuttaja togavirus

• SD (sleeping disease), aiheuttaja togavirus

Loiset
Loiset ovat nimensä mukaan toisessa eliössä loisevia eliöitä, joilla saattaa olla hyvinkin monivaiheinen elämänkierto, pitäen sisällään erilaisia muotoja (parveilija, itiö, toukka, aikuinen) ja väli-isäntiä. Loisia esiintyy kaikkialla ja ne voidaan yksinkertaistaen jakaa yksi- ja monisoluisiin loisiin. Kaloille loiset aiheuttavat eritasoisia oireita, lähtien lähes oireettomasta loisinnasta päätyen selkeään haittaan. Yleisesti voidaan todeta loistartujen altistavan kalan muille esim. bakteeriperäisille taudeille, sillä tietyt loiset rikkovat kalan ihoa ja muodostavat näin bakteereille käytävän kalan elimistöön. Kiertovesiviljelyssä veden oton järjestelyillä voidaan huomattavasti vähentää loispainetta, esimerkiksi käyttämällä pohjavettä. Samoin jos käytetään pintavettä, vedenottopaikalla on vaikutusta loisten esiintyvyyteen sekä veden käsittelyllä. Onkin vaikea sanoa mitkä loisista on varsinainen haitta kiertovesiviljelylle. Mikäli loisia pääsee kiertovesilaitoksen veteen, loistartunta havaitaa helpotein kalojen yleisenä rauhattomuutena, jolloin kalat hankaavat itseään altaan reunoja ja pohjaa vastaan sekä hyppivät. Näillä keinoilla kala pyrkii irroittamaan sen iholla elävät ja kalaa ärsyttävät loiset. Kalan sisäelimissä loisivat loiset on haastavampi havaita, sillä ne eivät aina aiheuta ulkioisia oireita, vaan ne havaitaan usein vasta kalojen perkuun yhteydessä. Jos kiertovesilaitokseen pääsee loisia, niistä on hankala päästä eroon, sillä ne kumuloituvat nopeasti jos olosuhteet ovat loisille otolliset. Tarkemmat kuvaukset kaloissa esiintyvistä loisista ja niiden aiheuttamista oireista voi lukea Terve kala verkkojulkaisusta Terve kala 

Alle on listattu muutamia Suomessa yleisesti esiintyviä ja vesiviljelle haitallisia loisia. 

• Ichthyobodo necator (Costia), yksisoluinen 

• Chilodonella, yksisoluinen

• Ichthyophthirius multifiliis (ICH) eli valkopilkkutauti, yksisoluinen

Kuva © Alcethron

• Apiosoma-tyyppi, yksisoluinen

• Trichodina-tyyppi, yksisoluinen

• Rakkoloisio Henneguya zschokkei, monisoluinen

• PKD eli loisperäinen munuaistauti, monisoluinen 

• Kidusmadot (esim. Gyrodactylus salaris), monisoluinen 

• Imumadot (esim. Diplostomum), monisoluinen

• Argulus-kalatäit

Sienet
Sienet ovat monisoluisisa eliöitä, jotka kasvattavat rihmastoja kasvualustaan. Myös kalat voivat toimia sienten kasvualustana. Tyypillisimmin sienitartuna havaitaan kalan pinnassa näkyvänä pumpulimaisena kasvustona, jota kutsutaan yleisesti vesihomeeksi. Vesihomeen voi kuitenkin aiheuttaa useat eri sienilajit yksin tai yhdessä, joten vesihome kuvaa paremmin oirettta kuin itse sientä. Kalojen ehjän ihon ja terveen limapeitteen tulisi estää sienitartunta, mutta esimerkiksi loistartunna tai muuten rikkoutuneen ihon ja heikon yleiskunnon johdosta sienet pystyvät tarttumaan kalan ihoon ja kasvattamaan rihmastoja ihoon. Toiset sienet saattavat tunkeutua kalan elimistöön siten, ettei itse rihmastoa ole silmillä havaittavaissa. Tällöin oireet liittyvät sienen aineenvaihdunnan johdosta kalan elimistöön erittyvistä kaloille haitallisista aineista, tai elimen vajaatoiminnasta kuten umarakkossa elävat elävät sienet jotka estävät uimarakon normaalin toiminnan. Kuten loisten osalta, kiertovesilaitokset voivat tulovedenoton ja sen käsittelyn kautta ehkäistä sienitartuntoja. Tarkemmat kuvaukset kaloissa esiintyvistä sienistä ja niiden aiheuttamista oireista voi lukea Terve kala verkkojulkaisusta Terve kala 

Alle on listattu vesihometta aiheuttavia sieni-sukuja sekä muutama muu kaloille haitallinen sieni-suku

• Saprolegnia, vesihome (yleisin) 

• Achlya, vesihome
• Aphanomyces, vesihome
• Leptolegnia, vesihome
• Leptomitus, vesihome
• Pythiopsis, vesihome
• Phoma, uimarakko 
• Verticillium, uimarakko
• Phialophora, uimarakko 
• Paecillomyces, uimarakko 
• Aphanomyces invadans, haavaumat