Lajien monimuotoisuus tarkoittaa sitä, että on olemassa keskenään erilaisia eliölajeja. Eliölajit ovat geneettisesti erilaisia ja tätä lajien välistä erilaisuutta kutsutaan lajien väliseksi geneettiseksi vaihteluksi.

Tämä voi tarkoittaa esimerkiksi sitä, että puutarhassa kasvaa omenapuiden lisäksi myös luumu-, kirsikka- tai päärynäpuita. Mitä enemmän puutarhassa on erilaisia kasvilajeja, sitä suurempi on tuon puutarhan lajimonimuotoisuus. Myös sillä on merkitystä monimuotoisuuden kannalta, kuinka paljon eliölajit muistuttavat toisiaan vai onko niiden välillä merkittäviä eroja. Myös se, kuinka paljon kutakin lajia kasvaa alueella, vaikuttaa kyseisen alueen monimuotoisuuteen. Puutarha, jossa on runsaslukuisena useita lajeja, on monimuotoisempi, kuin puutarha, jossa sama määrä lajeja kasvaa yksittäin.