Lajin sisäinen monimuotoisuus tarkoittaa määritelmänä sitä, että yhden lajin yksilöt ovat keskenään erilaisia. Tätä kutsutaan myös (lajin sisäiseksi) geneettiseksi vaihteluksi.

Kasvigeenivarojen suojelussa lajin sisäinen monimuotoisuus on tärkeää. Olet varmaankin nähnyt kaupan hedelmätiskillä keskenään erivärisiä tai erimuotoisia omenoita. Niiden kaikkien laji on sama, omena, mutta ne ovat eri lajikkeita. Eri omenalajikkeet edustavat yhden lajin, omenan, sisäistä monimuotoisuutta.

Joskus vaihtelu kasvin ulkonäössä (ilmiasussa) voi aiheutua ympäristötekijöistä. Esimerkiksi hyvällä kasvupaikalla kasvava kasvi kasvaa isoksi, kun taas huonolla kasvupaikalla täsmälleen sama kasvi jäisi kasvultaan pieneksi ja kitukasvuiseksi. Suvuttomasti lisääntyvien kasvien jälkeläisien perimä on samanlainen kuin emoyksilöllä. Nämä geneettisesti samanlaiset kasvit voivat siis kasvaa joskus hyvinkin eri näköisiksi keskenään. Tätä ei kuitenkaan voida pitää esimerkkinä lajin sisäisestä muuntelusta, koska ympäristön aiheuttama vaihtelu kasvin ulkoisissa piirteissä ei periydy sen jälkeläisille. Esimerkiksi, jos kitukasvuinen kasvi lisääntyy suvuttomasti, ja sen klooni istutetaan vuorostaan hyvälle kasvupaikalle, tästä kasvista kasvaa suuri ja hyvinvoiva.

Geneettinen lajin sisäinen vaihtelu on sitä, että lajin yksilöiden perimä eli geenit ovat keskenään erilaisia. Esimerkiksi 'Huvitus'-nimisellä omenalajikkeella on erilaiset geenit kuin 'Punakaneli'-nimisellä omenalajikkeella, ja siksi ne ovat keskenään erilaisia. Mitä enemmän jostakin viljelykasvilajista on erilaisia lajikkeita, tai perimältään toisistaan poikkeavia muotoja, sitä suurempi on sen lajin sisäinen monimuotoisuus.

Lajike on nimitys, jota käytetään ainoastaan viljellyistä kasveista. Esimerkiksi omenan lajikkeet ovat ominaisuuksiltaan erilaisia ihmisen suorittaman valikoinnin tai jalostuksen tuloksena.