Kasvigeenivaroista puhuttaessa monimuotoisuuden käsite on hyvin tärkeä. Viljelykasvien monimuotoisuus käsittää kasvien monimuotoisuuden hyödynnettävän osan. Jos ihmiskunnalla on varastossa riittävän monipuolisesti arvokkaita, keskenään erilaisia hyötykasvilajeja ja -lajikkeita, niin niiden joukosta löytyy todennäköisesti hyödyllisiä ominaisuuksia myös tulevaisuudessa. Koska emme voi vielä tietää, mitkä ominaisuudet osoittautuvat tulevaisuuden olosuhteissa hyödyllisiksi tai haitallisiksi, on "varastossa" hyvä olla paljon erilaisia ominaisuuksia omaavia kasvilajeja ja -lajikkeita.