Itämeren luonto ja erityisesti sen biodiversiteetti eli luonnon monimuotoisuus ovat uhattuja.

Koska ravintoketjut ovat lyhyitä, ja eliölajisto ja yksilömäärät ovat pieniä, yhdenkin lajin nopea väheneminen esimerkiksi ylikalastuksen myötä voi aiheuttaa isoja muutoksia eliöyhteisössä.

Itämeren kokoon nähden suuren valuma-alueen joet tuovat paitsi makeaa vettä myös ravinteita ja saasteita Itämereen. Ravinteet saavat aikaan levien nopeaa kasvua. Syksyllä suuri määrä eliöstöä kuolee, jolloin hajottajat alkavat toimia pohjassa.


Itämeren saaren rannalle on kertynyt sinilevää.

Hajotuksessa tarvitaan happea, josta seuraa helposti pohjalle vähähappinen tila tai jopa happikato. Se lisää edelleen kuolemaa, jolloin pohjan tila vain heikkenee lisääntyneen hajotuksen myötä. Kun ei ole pysyviä virtauksia, ei hapekasta vettä pääse etenkään Itämeren syvänteisiin.

Liikenne tuo lisäkuormitusta. 1980-luvulle asti kuviteltiin meren kestävän mitä tahansa. Matkustajalauttoja kulki Ruotsiin vain muutama päivässä. Ruokailu- ja muita jätteitä heitettiin mustissa jätesäkeissä suoraan mereen. Nykyisin valtava liikennemäärä lisää riskejä. Laivoista pääsee likavesiä tai öljyisiä jätevesiä mereen. Vaikka valvonta on tiukentunut, on Itämerellä säännöllisesti öljyvanoja. Osa näistä on öljytankkerien öljyisiä jätevesiä. Kaikki liikenne lisää myös ravinteiden liikkumista potkureiden aiheuttamien virtauksien myötä.


Itämeri jäätyy ainakin osittain talvisin.

Reaaliaikainen laivaliikenne

Aiemmin yhdyskunta- ja tehdasjätteet päästettiin puhdistamattomina suoraan jokiin ja sieltä Itämereen. Nykyisin kaikki yhdeksän ympärysvaltiota ovat tehneet suojelusopimuksia ja päästörajoituksia Itämereen. Myös laivaliikennettä valvotaan tiukemmin.