Jynkän koulussa opiskellaan 3.-6. -luokilla valinnaisaineita yhdestä kahteen tuntia viikossa. Kolmannen ja neljännen luokan valinnaisaineet ovat koulukohtaisia valintoja. Kolmannen luokan oppilaat opiskelevat valinnaisaineena kuvataidetta yhden tunnin viikossa. Neljännen luokan oppilaat opiskelevat valinnaisaineina liikuntaa ja musiikkia molempia yhden tunnin viikossa.

Viidennellä ja kuudennella luokalla oppilaat valitsevat itse valinnaisaineet siten, että viidennellä luokalla valinnaisaineita on kaksi tuntia viikossa ja kuudennella luokalla yksi tunti viikossa.

Alakoulun aikana oppilaat valitsevat kolme eri valinnaisainetta, joita opiskellaan viidennen ja kuudennen luokan aikana. Jynkän koulun valinnaisainekokonaisuudet ovat digitaidot, ilmaisutaito, käden taidot (tekninen työ), kädentaidot (tekstiilityö), liikunta, maailman kuvat (kuvataide) ja musiikki. 

Valinnaisaineet valitaan neljännen luokan keväällä ja ryhmät muodostetaan vuosittain valintojen perusteella. Kaikki ryhmät eivät välttämättä joka vuosi toteudu. Valinnat ovat sitovia, eikä niitä voi muuttaa myöhemmin. Näin ollen on tärkeää pohtia kotona valintoja yhdessä.

Painotusopetuksessa olevilla liikuntaluokkalaisilla valinnaisaine on liikunta.