Jynkän koulun tavoitteena on luoda kaikille oppilaille turvallinen koulupäivä, jossa vaihtelevat toiminnallisuus, yhteisöllisyys ja monimuotoinen oppimiskulttuuri. Oppilaita kannustetaan liikkuvaan ja muutenkin terveelliseen elämäntapaan. Oppilaille tarjotaan mahdollisuus toteuttaa tarvettaan liikkua ja urheilla koulupäivien aikana sekä ohjatusti että vapaamuotoisesti. Lukujärjestykset pyritään muokkaamaan siten, että tämä toteutuu.

Turvallisuutta luodaan yhteisillä toimintatavoilla ja säännöillä, jotka käydään läpi syksyisin ja joihin oppilaat voivat esittää parannusehdotuksia. Oppilaille annetaan mahdollisuus vaikuttaa heitä koskeviin sääntöihin. Oppilaskunnan hallitus käsittelee parannusehdotukset, jotka vahvistetaan opettajainkokouksessa. Näin oppilaat osallistetaan ja sitoutetaan koulun sääntöihin.