Marvinsketch harjoituksia!
Harjoitus 2
Tutustutaan Marvinsketchin 3D-toimintoihin.
b) Molekyylin varausjakaumat
Piirrä normaalinäkymässä jokin molekyyli, jossa on hiiltä, vetyä ja happea. Esimerkiksi etanoli.
Etsi molekyylin nimi Marvinin kirjastosta: valitse molekyyli ja käytä näppäinkomentoa ctrl-shift-N.
Valitse koko molekyyli, ja sitten: Calculations -- Charge -- Charge. Klikkaa "OK" pari kertaa, (toinen on varoitusilmoitus, että jokin ei toimi, mutta kyllä se toimii riittävästi). Negatiiviset osittaisvaraukset näkyvät punaisina, positiiviset sinisinä. Poolittomat alueet ovat harmahtavia. Voit pyöritellä molekyyliä eri asentoihin tarttumalla siihen hiirellä.
c) Etsi MAOL-taulukon "orgaanisten aineden ominaisuuksia"- alta jokin monimutkaisempi molekyyli, ja tutki sitä yllämainitussa näkymässä. Vaihtoehtoisesti voit hyödyntää Marvinsketchin kirjastoa.
Palauta tiedosto, jossa on aineen nimi, sekä ainakin seuraavat kuvat:
- täydellinen rakennekaava hiilineen ja vetyineen
- viivakaava
- Varausjakauman näkymä: tutki molekyylin poolisuutta.
b) Molekyylin varausjakaumat
Piirrä normaalinäkymässä jokin molekyyli, jossa on hiiltä, vetyä ja happea. Esimerkiksi etanoli.
Etsi molekyylin nimi Marvinin kirjastosta: valitse molekyyli ja käytä näppäinkomentoa ctrl-shift-N.
Valitse koko molekyyli, ja sitten: Calculations -- Charge -- Charge. Klikkaa "OK" pari kertaa, (toinen on varoitusilmoitus, että jokin ei toimi, mutta kyllä se toimii riittävästi). Negatiiviset osittaisvaraukset näkyvät punaisina, positiiviset sinisinä. Poolittomat alueet ovat harmahtavia. Voit pyöritellä molekyyliä eri asentoihin tarttumalla siihen hiirellä.
c) Etsi MAOL-taulukon "orgaanisten aineden ominaisuuksia"- alta jokin monimutkaisempi molekyyli, ja tutki sitä yllämainitussa näkymässä. Vaihtoehtoisesti voit hyödyntää Marvinsketchin kirjastoa.
Palauta tiedosto, jossa on aineen nimi, sekä ainakin seuraavat kuvat:
- täydellinen rakennekaava hiilineen ja vetyineen
- viivakaava
- Varausjakauman näkymä: tutki molekyylin poolisuutta.
Harjoitus 1
Huomaa, että jokaisen videon kohdalla (alempana samalla sivulla) on ohjeet myös sanallisina!
a) Katso ytl tuottama video Marvinsketchissa näkyvien hiilien/vetyjen muuttamisesta
(täydellinen rakennekaava--erilaiset hybridit (ei suositeltavia) -- viivakaava
Huomaa, että hiilien näkyminen säädellään eri paikasta kuin vetyjen näkyminen!
b) Katso ytl tuottama video marvin-tiedostojen tallentamisesta koetilanteessa, abitissa.
c) Katso ytl tuottama video, jossa piirretään yksinkertaisia hiilivetyjä. Kaksoissidoksen voi luoda myös klikkaamalla toisen yksöissidoksen jo tehdyn rinnalle, kokeile!
(Kun jokin toiminto on valittuna, se jatkuu joka klikkauksella. Itse suosin vasemman yläklulman valintanuolta: aina, kun olen valmis jonkin toiminnon käyttämisen kanssa, vaihdan valintanuoleen, muuten tulee klikkailtua jo tehdyt jutut pilalle. Huomaa myös undo-toiminto!)
d) Palautettava harjoitus:
Piirrä 2-metyyli-propeeni. (kolmen hiilen ketju, jossa on kaksoissidos, keskimmäisestä hiilestä lähtee vielä yksinäinen neljäs hiili).
Palauta siitä palautuskansioon kaksi kuvaa, toinen viivakaavana, toinen täydellisenä rakennekaavana hiilineen ja vetyineen.
a) Katso ytl tuottama video Marvinsketchissa näkyvien hiilien/vetyjen muuttamisesta
(täydellinen rakennekaava--erilaiset hybridit (ei suositeltavia) -- viivakaava
Huomaa, että hiilien näkyminen säädellään eri paikasta kuin vetyjen näkyminen!
b) Katso ytl tuottama video marvin-tiedostojen tallentamisesta koetilanteessa, abitissa.
c) Katso ytl tuottama video, jossa piirretään yksinkertaisia hiilivetyjä. Kaksoissidoksen voi luoda myös klikkaamalla toisen yksöissidoksen jo tehdyn rinnalle, kokeile!
(Kun jokin toiminto on valittuna, se jatkuu joka klikkauksella. Itse suosin vasemman yläklulman valintanuolta: aina, kun olen valmis jonkin toiminnon käyttämisen kanssa, vaihdan valintanuoleen, muuten tulee klikkailtua jo tehdyt jutut pilalle. Huomaa myös undo-toiminto!)
d) Palautettava harjoitus:
Piirrä 2-metyyli-propeeni. (kolmen hiilen ketju, jossa on kaksoissidos, keskimmäisestä hiilestä lähtee vielä yksinäinen neljäs hiili).
Palauta siitä palautuskansioon kaksi kuvaa, toinen viivakaavana, toinen täydellisenä rakennekaavana hiilineen ja vetyineen.