Ekosysteemien monimuotoisuudella tarkoitetaan sitä, että on olemassa erilaisia elinympäristöjä eliöyhteisöineen. Mitä enemmän keskenään erilaisia ekosysteemejä on, sitä suurempi on ekosysteemien monimuotoisuus. Myös sillä on merkitystä monimuotoisuuden kannalta, että kuinka suuria ekosysteemien väliset erot ovat.