Mikrobeiksi kutsutaan kaikkia niitä eliöitä, joita ei voi nähdä ilman mikroskoopin apua. Mikrobeja ovat kaikki bakteerit ja arkit eli arkeonit.

Myös suurin osa alkueliöistä on mikrobeja. Alkueliöitä ovat esimerkiksi kosteissa ympäristöissä viihtyvät tohvelieläimet tai ameebat. Lisäksi osa sienistä, kuten homeet ja hiivat, ovat mikrobeja.

Myös viruksia, esimerkiksi influenssavirusta, sanotaan mikrobeiksi, vaikka ne eivät ole eläviä eliöitä.

Eliömaailman luokittelu. Esitumaisilla eliöillä (bakteereilla ja arkeilla) ei ole ainoassa solussaan tumaa. Alkueliöt, kasvit, eläimet ja sienet ovat aitotumaisia: niillä on soluissaan tuma.

Pienikokoiset mikrobit ovat herkkiä kuivumiselle. Siksi ne tarvitsevat kostean ympäristön. Vesi myös mahdollistaa niiden siirtymisen paikasta toiseen. Siksi monet mikrobit elävätkin vedessä.

Vesiympäristössä erilaiset kasviplanktonit ja syanobakteerit ovat merkittäviä tuottajia. Ne tuottavat energiaa auringonvalon avulla. Tämä energia siirtyy ravintoketjuissa kuluttajille, kun esimerkiksi vesikirppu syö pienen levän. 

Monet mikrobit toimivat maaperässä hajottajina. Hajottajat vapauttavat esimerkiksi kuolleisiin eliöihin ja ulosteisiin sitoutuneita ravinteita jälleen muiden eliöiden käyttöön.

Eräät mikrobit ovat taudinaiheuttajia. Esimerkiksi likaisesta vedestä voi saada mikrobin aiheuttaman ripulin.

Mikrobit ovat olleet maapalon ensimmäisiä eliöitä. Yksisoluisista bakteereista kehittyi lopulta monimutkaisempia monisoluisia eliöitä, joiden erilaiset solut ovat erikoistuneet erilaisiin tehtäviin. Monisoluisuus myös mahdollisti kuivuudelta suojaavat rakenteet, jolloin siirtyminen vedestä maalle mahdollistui. Yhteyttävät bakteerit ja yksisoluiset levät tuottivat maapallolle happea, joka lopulta kertyi ilmakehään ja muodosti elämälle suotuisan ilmakehän.