:rightOrgaanisia molekyyleja voidaan esittää monilla tavoilla. Molekyylit ovat kolmiulotteisia, joten on mielekästä esittää niiden rakenne erilaisten 3D-molekyylimallien avulla. Tyypillinen molekyylimalli on esimerkiksi pallotikkumalli, jossa atomit esitetään palloina ja atomien väliset sidokset putkina. Tikkumallissa on kuvattu ainoastaan atomien väliset sidokset ja kalottimallissa ainoastaan molekyylissä sijaitsevat atomit.

Erilaisia 3D-malleja tarvitaan, koska jokainen mallityyppi sisältää erilaista tietoa. Tavoitteena on korostaa tarkastelun kohteena olevia yksityiskohtia. Niitä ei saa olla liikaa.

Pallo-tikkumalli antaa tietoa atomeista, niiden paikoista ja molekyylin sidostyypeistä. Tikkumallissa atomeja ei visualisoida lainkaan, joten silloin katsojan on syytä tietää jo ennestään millaisia atomeja molekyylissä on. Tikkumallia käytetään esimerkiksi molekyylien välisten vuorovaikutusten kuvaamiseen, jolloin atomit eivät ole tiellä ja huomio keskittyy oikeaan asiaan.

Kalottimalli antaa katsojalle tietoa molekyylin koosta ja geometrisestä muodosta. Niitä käytetään esim. suurten molekyylien, kuten vaikka proteiinien visualisoimiseen. Proteiinit ovat tuhansien atomien kokoisia systeemejä, joten niissä huomio ei keskity yksittäisiin atomeihin vaan suurempiin kokonaisuuksiin. Proteiinimallinnuksessa tutkitaan esimerkiksi minkä muotoinen proteiini on ja millainen lääkemolekyyli soveltuisi vuorovaikuttamaan sen aktiivisen kohdan kanssa.
https://peda.net/id/cceda37e4
Dna:n rakenne tikkumallin ja insuliiniproteiinin rakenne kalottimallin avulla esitettynä.


Toisinaan molekyyli kannattaa havainnollisuuden vuoksi esittää kaksiulotteisesti. On kuitenkin muistettava, että tällainen kuvaus ei vastaa todellisuutta yhtä hyvin kuin kolmiulotteinen malli.

Molekyylin kaksiulotteisessa rakennekaavassa voi olla kuvattuna molekyylin kaikki atomit ja niiden väliset sidokset. Tällaista mallia kutsutaan täydelliseksi rakennekaavaksi. Viivakaava on pelkistetty muoto rakennekaavasta. Siinä vetyatomit on jätetty piirtämättä ja hiiliatomien väliset sidokset kuvataan viivalla. Viivakaavasta on helppoa erottaa erilaiset funktionaaliset ryhmät.
https://peda.net/id/ccf02d744