Kasvien geneettisen tutkimuksen kohteena on DNA, jonka emäskoostumusta ja -järjestystä selvitetään. DNA:sta muodostuvat geenit ja geenien väliset alueet. Geenit määrittelevät ominaisuudet, esimerkiksi kukan värin tai talvenkestävyyden. Saman lajin eri yksilöt saattavat sisältää geenistä eri geenimuotoja eli alleeleja, joiden DNA:t poikkeavat hieman toisistaan, ja siksi esim. omenalajikkeet ovat keskenään erilaisia.

Yksinkertaistaen kasvien geneettistä tutkimusta voisi kuvata seuraavasti: Tutkittavan kasvin DNA:ta verrataan aiemmin tutkittujen kasvikantojen DNA:han. Vertaamalla voidaan havaita samankaltaisuuksia ja eroja, joiden avulla voidaan esimerkiksi päätellä, mistä lajikkeesta on kysymys tai sisältääkö se jonkin tietyn ominaisuuden.

Tietyn kasvilajin geenejä voidaan tunnistaa mm. vertaamalla niiden DNA:ta jo tunnettuihin toisten kasvilajien geenien DNA:han. Geeneille voidaan myös kehittää DNA-tunnistimia, joiden avulla voidaan selvittää eri geenimuotojen läsnäolo. Näitä tunnistimia voidaan käyttää hyväksi lajikejalostuksessa.

Mitä samankaltaisempia tutkittujen kasvien DNA:t ovat, sitä läheisempiä sukulaisia ne ovat keskenään. Mitä enemmän eroja niiden DNA:sta löytyy, sitä kaukaisempia sukulaisia ne ovat keskenään. Esimerkiksi tällä tavoin tutkijat voivat päätellä, miten jokin laji on kehittynyt evolutiivisesti. Viljelylajikkeiden välisiä havaittuja eroja DNA:ssa ja sitä kautta ominaisuuksissa voidaan käyttää apuna jatkojalostusta suunniteltaessa.

Lisätietoa kasvigeenivarojen tutkimuksesta löydät sivulta Geneettisen monimuotoisuuden tutkiminen.