Kuten monella muullakin viljelykasvilla, myös perunalla on lukuisia erilaisia haittaeliöitä. Vaikka jalostustyö pyrkii luomaan lajikkeita, jotka sietäisivät mahdollisimman hyvin eri taudinaiheuttajia ja tuholaisia niin aina se ei siinä onnistu. Haittaeliöt kehittyvät myös jatkuvasti, joten aikaisemmin taudinkestävä lajike ei ehkä sitä enää olekaan kymmenen vuoden päästä.

Perunan haittaeliöt voidaan jakaa kolmeen ryhmään: kasvitauteihin, tuholaisiin ja rikkakasveihin. Kasvitaudin voi aiheuttaa bakteeri, virus, sieni tai sienimäinen taudinaiheuttaja. Tuholaiset ovat puolestaan useimmiten hyönteisiä tai sukkulamatoja. Tuholaisia perunalla on selkeästi vähemmän kuin kasvitauteja. Tämä voi johtua perunan varsiston myrkyllisyydestä. Rikkakasveihin kuuluu lähinnä putkilokasveja, kuten juolavehnä, pillike ja peltovalvatti. Alla on esitelty kasvitautien ja tuholaisten edustajia tarkemmin.

Yksityiskohtaisempaa tietoa perunan taudinaiheuttajista ja tuhoeläimistä löydät MTT:n Perunan taudinaiheuttajat ja tuhoeläimet -esitteestä.