Viljelijä keskittyy jalostustyössään usein muutamiin kasvin ominaisuuksiin, kuten satoisuuteen, mukulan muotoon tai jonkin tietyn taudin vastustuskykyyn. Jalostus etenee askel askeleelta kohti päämäärää niin, että sadosta valitaan aina ne yksilöt, jotka parhaiten edustavat haluttua lopputulosta. Kun tätä jatketaan riittävän kauan, saa viljelijä viimein halutunlaisia perunoita, joita sitten lisätään kasvullisesti mukuloiden avulla. Nämä jalostetut perunat edustavat kuitenkin vain pientä osaa alkuperäisen perunapellon variaatiosta, ja monta ehkä hyödyllistä ominaisuutta jää päätymättä jalostettuun lajikkeeseen.

Mukuloiden kasvullinen lisääminen tarkoittaa sitä, että yhtä perunayksilöä kloonataan mukuloiden avulla. Tällöin lajikkeen muodostaa periaatteessa yksi ainoa perunayksilö ja kaikki lajikkeen yksilöt ovat perimältään samanlaisia keskenään. ”Siemenperuna” voi siis terminä olla harhaanjohtava, sillä kyse ei ole siemenestä, vaan emokasvin varsimuuntumasta, maarönsyn turvonneesta kärkiosasta.

Perimältään samanlaiset perunat ovat herkkiä ympäristön muutoksille ja esimerkiksi muuttuville taudeille. Vaikka jalostettu peruna olisikin jalostushetkellään esimerkiksi mukularuton kestävä, on ongelmana se, että perunataudit jatkavat kehityskulkuaan jatkuvasti, kun taas lajike pysyy perimältään muuttumattomana. Ja nimenomaan tämän seikan takia on erityisen tärkeää, että on olemassa mahdollisimman erilaisia maatiaisperunakantoja, joista voidaan ammentaa muuttuvaan ympäristöön paremmin sopivia ominaisuuksia.