Myös maan alta löytyy kasvien tuntomerkkejä. Juurien haaroittumistapa, mukulajuurten muoto ja sijoittuminen, pääjuuren muoto ja väri ovat tärkeitä tuntomerkkejä vaikka perunalajikkeiden tai pionien tunnistuksessa.


Kuvassa Korteniemen perinnetilalla viljeltäviä itäneitä maatiaisperunoita. Mukuloiden ja itujen muoto sekä mukulan mallon väri ovat erilaisia kullakin lajikkeella.