Omenan monimuotoisuus

Omenalajikkeen tunnistaminen DNA-analyysillä

Luonnonvarakeskuksessa on määritetty DNA-sormenjälki noin 300 Suomessa viljellylle omenalajikkeelle. DNA-analyysillä voidaan saadaan lajiketieto selville, jos tunnistettavaksi annettu näyte osoittautuu yhdeksi näistä. Viljeltyjä omenalajikkeita on näitä enemmän, joten kaikille niistä ei toistaiseksi tunnistetta löydy. Tällöin DNA-analyysillä voidaan poissulkea tunnetut omenalajikkeet ja on ryhdyttävä muilla keinoin etsimään näytteelle lajikenimeä tai tutkittava voiko se olla nimeämätön nurkkapuu.

Tuoreet nuoret lehtinäytteet

DNA-tunnistus tehdään nuorista tuoreista lehdistä eristetystä DNA:sta.

Mikrosatelliittimerkit tunnisteina

Kun DNA-tasolla selvitetään eri omenalajikkeiden eroja, ei tutkita koko DNA:ta, vaan ainoastaan osia siitä eli DNA-alueita, joita kutsutaan DNA-merkeiksi. DNA-merkkejä on useita erilaisia. Omenalajikkeiden tunnistamisessa on käytetty mikrosatelliittimerkkejä. Mikrosatelliitit ovat alueita perimässä, jossa tietty lyhyt DNA-jakso (1-6 emäsparia) toistuu.

Tietyssä paikassa sijaitsevan mikrosatelliitin (mikrosatelliittilokuksen) toistojaksojen lukumäärä eli mikrosatelliitin pituus vaihtelee eri lajikkeissa. Kun käytetään PCR-menetelmää (polymeraasiketjumenetelmää), jossa mikrosatelliittialue monistetaan, saadaan fluoresoivan leiman avulla sekvenssointilaitteessa sen pituus selville.

Yhden mikrosatelliitin avulla ei vielä voida lajikkeita erottaa toisistaan. On käytettävä useampaa, esimerkiksi kymmentä mikrosatelliittia, jotta saadaan kullekin lajikkeelle oma tyypillinen DNA-sormenjälki, jonka avulla ne voidaan tunnistaa.

Mikrosatelliittimerkit erottelevat omenalajikkeet toisistaan

Mikrosatelliitti_Kuva_omenoita_.JPG


UPGMA-sukupuu kertoo lajikkeiden sukulaisuudesta

UPGMA_huvitus_.JPG

Teksti: Pirjo Tanhuanpää, Maarit Heinonen