Toimintakulttuuria muovaavat sekä tiedostetut että tiedostamattomat tekijät. Toimintakulttuuri vaikuttaa sen piirissä oleviin riippumatta siitä, tunnistetaanko sen merkitys ja vaikutukset vai ei. Aikuisten tapa toimia välittyy oppilaille, jotka omaksuvat kouluyhteisön arvoja, asenteita ja tapoja. Esimerkiksi vuorovaikutuksen ja kielenkäytön mallit sekä sukupuoliroolit siirtyvät oppilaille. Toimintakulttuurin vaikutusten pohdinta ja sen ei-toivottujen piirteiden tunnistaminen ja korjaaminen ovat tärkeä osa toimintakulttuurin kehittämistä.