Koulut tekevät yhteistyötä mm. kirjaston, seurakunnan, järjestöjen, yritysten, yhteisöjen, kunnan muiden toimielinten kuten varhaiskasvatuksen ja nuorisopalveluiden sekä sosiaali- ja terveystoimen kanssa. Sen lisäksi poliisi ja pelastuslaitos ovat luontevia yhteistyökumppaneita. Yhteistyön muodot ja vastuuhenkilöt kirjataan koulun vuosisuunnitelmaan.

Joensuun seudun perusopetuksen toimintaa kehittävistä hankkeista syntyneitä uusia toimintamalleja vakiinnutetaan koulujen käytäntöihin. Yhteistyö muiden hankkeisiin osallistuneiden kuntien, koulujen tai muiden perusopetuksessa toimivien kumppaneiden kanssa jatkuu hankkeiden päättymisen jälkeen.