Nuijasota-pelissä pelaajat jakautuvat joukkueisiin, joiden on tarkoitus ryöstää toisiltaan omaisuutta. Jokaisella joukkueella on tukikohta, joiden suojelemiseksi 1-3 pelaajaa toimivat vartijoina tai vartiotorneina. Muut pelaajat yrittävät hyökätä vastustajien tukikohtiin saadakseen omaa omaisuuttaan kasvatettua ja vastustajien omaisuutta heikennettyä. Pelin voittaa lopuksi se joukkue, jolla on eniten omaisuutta. Katso tarkemmat peliohjeet oheisesta tiedostosta.

Nuijasota-peli toimii Amazing Case -seikkailun aloituksena ja samalla se jakaa joukkueet säätyihin (parhaiten pärjännyt joukkue saa korkeimman säädyn jne.). Taustatarinan myötä peliin integroituu historian sisältöjä, ja itse pelissä korostuvat ulkoliikunta ja ryhmätaidot.