Useimmat DNA-merkit perustuvat PCR- eli polymeraasiketjureaktioon. PCR-menetelmän avulla monistetaan DNA-merkkejä lehdistä eristetystä DNA:sta. ISSR-merkkien (inter-simple-sequence-repeat) monistamisessa käytetään aluketta, joka sisältää toistojakson, esim. CAGCAGCAGCAGCAGCAG. Toistojaksoja löytyy kasvien perimästä paljon, joten aluke tarttuu moneen kohtaan ja tällöin monistuu useita toistojaksojen välisiä alueita eli ISSR-merkkejä. ISSR-merkit saadaan näkyviin geelielektroforeesin avulla. PCR:n jälkeen näytteet pipetoidaan geelille, lisäksi molempiin reunoihin pipetoidaan standardi, joka sisältää useita DNA-pätkiä, joiden koko emäspareina (bp) tiedetään ja sen avulla ISSR-merkkien koko voidaan määrittää. ISSR-merkit liikkuvat geelillä sähkövirran avulla kokonsa mukaan, pienimmät pisimmälle. Näin erikokoiset ISSR-merkit saadaan erotettua toisistaan. Geeli sisältää etidiumbromidia, joka tarttuu kaksinauhaiseen DNA:han ja sen avulla ISSR-merkit nähdään UV-valossa.

Jokainen kuvassa näkyvä juova edustaa yhtä ISSR-merkkiä. Merkkejä on monistettu raparperiyksilöistä, joista kukin edustaa tiettyä lajiketta. Jotkut merkit esiintyvät kaikilla lajikkeilla, toiset vain joillakin. Kuvaan on merkitty parhaat ISSR-merkit nuolilla. Kun tarpeeksi monta vaihtelevaa ISSR-merkkiä löytyy, voidaan niiden avulla tunnistaa raparperilajikkeet toisistaan. Kuvassa yksi näytteistä on jostain syystä epäonnistunut.

Teksti ja kuva: Pirjo Tanhuanpää