Geeninsiirtotekniikoiden avulla on mahdollista siirtää geenejä lajista toiseen. Sitä voidaan soveltaa myös silloin kun halutaan siirtää jokin tietty yksittäinen saman lajin geeni hyvän lajikkeen perimään. Tekniikka toimii parhaiten, jos ominaisuudet ovat suhteellisen yksinkertaisia, vain yhden tai muutaman geenin kontrolloimia. Useimmat jalostusominaisuudet ovat monien geenien säätelemiä eli polygeenisiä.

Geeninsiirtomenetelmiä on useita. Geeninsiirto voidaan tehdä esimerkiksi agrobakteerin avulla. Agrobakteeri infektoi kasvisolun plasmidillaan, josta taudinaiheuttajaosat on poistettu ja niiden tilalle on liitetty siirrettävä geeni. Siirto voidaan tehdä myös partikkelipommituksen avulla, jossa siirrettävällä DNA:lla päällystettyjä kultapartikkeleita ammutaan tyhjiössä kasvisoluihin.

Geeninsiirtotekniikka on herättänyt paljon keskustelua. Tekniikka on useimmissa maissa tarkasti säädeltyä. Euroopassa muuntogeenisten lajikkeiden hyväksynnästä vastaa Euroopan elintarviketurvallisuusvirasto EFSA (European Food Safety Authority). Hyväksyntämenettely on monipolvinen, ja kaikilta Euroopan mailta pyydetään kommentit GM-kasvin hyväksyntää varten EU:ssa. GM-kasvilajike voidaan hyväksyä vain rehu- tai elintarvikekäyttöön, jolloin hyväksyntä koskee EU:n ulkopuolella tuotettua satoa ja sen tuontia ja käyttöä EU:n alueella. Jos GM-kasvi hyväksytään viljelyyn, sitä saa tuottaa EU:n alueella. EU:ssa on hyväksytty lähinnä torjunta-aineiden ja tuholaisten kestäviä muuntogeenisiä maissi-, puuvilla- ja soijalajikkeita.