Haapajärven perusopetuksessa tarjotaan yhdysluokkaopetusta kyläkouluilla oppilasmäärän pienuuden vuoksi ja K.J. Ståhlbergin koululla pedagogisista syistä. Kyläkouluilla opetus järjestetään pääsääntöisesti vuorokurssiperiaatetta noudattaen. K.J. Ståhlbergin koululla taas erityistä tukea saavat oppilaat opiskelevat kukin omalla vuosiluokallaan heterogeenisissä yhdysluokissa.