Mikroskoopit tuovat nimensä mukaisesti näkyville kohteita, jotka ovat paljaalle silmälle liian pieniä.

Nykyisin on olemassa suuri joukko erilaisia mikroskooppeja muutamia kertoja suurentavista preparointimikroskoopeista satojatuhansia kertoja suurentaviin elektronimikroskooppeihin.

Jopa yksittäisiä molekyylejä voidaan nähdä nykyisillä atomivoimamikroskoopeilla.

Se millaista mikroskooppia tarvitaan, riippuu käyttökohteesta. Suurin mahdollinen suurennos ei useinkaan ole päämäärä, vaan kohteen mahdollisimman selvä näkeminen.

Jos tutkittava kohde on paksu ja valoa läpäisemätön, sitä tutkitaan preparointimikroskoopilla. Siinä kohde valaistaan päältä päin. Näkymä on kuin katsoisi tehokkaalla suurennuslasilla.

Läpivalaisumikroskooppia käytetään, jos halutaan katsoa esimerkiksi soluja ja solukoita.

Näytteiden tulee olla hyvin ohuita, jotta valo tulee hyvin näytteen läpi, eivätkä päällekkäiset kerrokset tee näkymästä sotkuista.

Joihinkin mikroskooppeihin voi kytkeä digitaalisen kameran, jolla kuvia voidaan siirtää helposti tietokoneelle. Myös puhelimen kameralla voi vakaakätinen tutkija ottaa kuvia toisille näytettäväksi.