Itämeren suojeluun on monia syitä. Itämeri on ainutlaatuinen ekosysteemi, jossa elää niin makean kuin suolaisenkin veden lajeja.

Itämeren linnusto on poikkeuksellinen. Itämeressä pesii kymmeniä lintulajeja, ja sen kautta muuttaa miljoonia lintuja vuosittain pohjoisille pesimäalueille.

Itämeri tuottaa paljon kalaa. Kalankasvatus altaissa on lisääntynyt.

Ammattikalastajien lisäksi Itämerellä kalastaa tuhansia virkistyskalastajia. Itämeri on tärkeä mökkeily- ja veneilyalue.

Itämeren tehokkaalle suojelulle on kiire. Itämerta uhkaavat mikroskooppisen pienet muovinkappaleet, rehevöityminen, monet vaaralliset kemikaalit ja öljyonnettomuudet. Koska Itämeri on matala, siihen vaikuttavat jo pienetkin haitallisten aineiden päästöt.

Itämeren rantavaltiot ovat tehneet sopimuksia Itämeren suojelemiseksi. Niiden avulla pyritään muun muassa vähentämään ravinnepäästöjä Itämereen.

Iso risteilyalus navigoi luotojen välistä. Luodolla on merimetsoja, joiden ulosteet ovat värjänneet luodon valkoiseksi. Itämeren laivaliikenne lisää ympäristöhaittoja. Savupiipuista tulee päästöjä ilmaan, ja laivojen nostattama aallokko kuluttaa rantoja.