Tyydyttyneiden molekyylien muoto muuttuu, kun hiiliketjuun liittyneet ryhmät kiertyvät yksinkertaisen sidoksen akselin ympäri. Tästä isomerian lajista käytetään nimitystä konformaatioisomeria. Konformaatioisomeerejä on lukemattomia, ja ne muuttuvat jatkuvasti toisikseen. Konformaatioisomeereistä käytetään joissain yhteyksissä nimitystä konformeerit tai rotameerit. Konformaatioisomeria ei näy yhdisteen nimessä, eikä sitä yleensä huomioida isomeriatehtävissä.




Molekyylin konformaation muuttamiseen tarvitaan energiaa. Jotkut konformaatioisomeerit voivat olla muita pysyvämpiä muotoja. Esimerkiksi sykloheksaanin pysyvimmät konformaatiot ovat niin sanotut vene- ja tuolimuoto.

Lisätietoa sykloheksaanin isomeriasta