2. Käytön aloittaminen
Perusasetukset - vaavakaava vai täydellinen rakennekaava
Rakenne
Perusasetuksen määrittämisessä on mielekästä aloittaa molekyylien rakenteista (Structure). Asetuksien sovittaminen omiin tarpeisiin on tärkeä taito. Sähköisessä ylioppilaskokeessa ja Abitti-kokeissa on syytä ensimmäiseksi käydä muuttamassa tietyt asetukset käyttöön soveltuviksi. Hiiliatomien näkyminen (Carbon Labels) on oleellinen päätös, valintaan liittyy päätös siitä, näytetäänkö rakennekaava ja viivakaava. Tästä lisää omassa kappaleessa. Kolmas vaihtoehto ylläolevassa kuvassa johtaa hankaliin malleihin, jopa väärinymmärrettäviin vaihtoehtoihin.![EditPrefStructure_dia.png](https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/1op/pvejhnss/e:file/photo/fcb8d8470d2130bde678f91e0415c9eba129908b/EditPrefStructure_dia.png)
Vedyt täydellisessä rakennekaavassa
Vedyt viivakaavassa
Viivakaavassa esitetään vedyt heteroatomien (esim. happi, O tai typpi, N) yhteydessä. Ohjelmaa osa määritellä tarvittavien vetyatomien määrän. Viivakaavoihin voi näin lisätä automaattisesti hydroksyyliryhmän -OH ja erilaiset aminoryhmät -NH2. Tässä näyttöasetuksiin (View | Implicit Hydrogens | On Hetero) liittyvät valinnat:
![vedyt_heteroyhteys.png](https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/1op/vedyt-viivakaavassa/v:file/photo/b766b69121687c79211a31dfd4dfae768fd6c8fe/vedyt_heteroyhteys.png)
![vedyt_heteroyhteys.png](https://peda.net/p/myllyviita/OrbitaaliMarvinSketch2painos/1op/vedyt-viivakaavassa/v:file/photo/b766b69121687c79211a31dfd4dfae768fd6c8fe/vedyt_heteroyhteys.png)