Rakenneisomeriassa eli konstituutioisomeriassa atomien molekyylikaava on sama, mutta atomien sitoutumisjärjestys on erilainen. Rakenneisomeerien fysikaaliset ja kemialliset ominaisuudet, kuten sulamis- jakiehumispiste ja kemialliset reaktiot, voivat olla hyvin erilaiset. Isomeerien hiiliketjuissa voi olla erilaisia haaroja, funktionaalinen ryhmä voi olla eri kohdassa hiiliketjua ja funktionaaliset ryhmät voivat olla erilaiset. Rakenneisomeria jaetaan runkoisomeriaan, paikkaisomeriaan ja funktioisomeriaan.

Runkoisomeereillä on sama toiminnallinen ryhmä, mutta erilainen hiiliketjun rakenne. Paikkaisomeereillä toiminnallinen ryhmä on sama, mutta se on liittynyt eri kohtaa hiiliketjua. Funktioisomeereissä on sama molekyylikaava, mutta niissä on eri toiminnallinen ryhmä.

Isomeriakoonti

Runkoisomeerit
	Butaani	Metyylipropaani
Paikkaisomeerit
	1-klooripropaani	2-klooripropaani
Funktioisomeerit
	Etanoli	Dimetyylieetteri