Funktioisomeriassa yhdisteellä on sama molekyylikaava, mutta erilainen funktionaalinen ryhmä. Esimerkiksi yhdisteellä C₂H₆O on kaksi isomeeriä, joista tiedetään, että toinen on alkoholi ja toinen eetteri. Alkoholi on huoneenlämpötilassa herkkäliikkeinen, väritön ja helposti syttyvä neste ja eetteri on kaasu. Alkoholi kiehuu 78,5 ºC:n lämpötilassa, eetteri jo −24 ºC:ssa.

Alkoholi on yleinen ja hyväksi todettu liuotin sekä päihdyttävien ominaisuuksiensa vuoksi nautintoaineenakin käytetty etanoli. Eetteri puolestaan kylmäkoneiden jäähdytinaineena ja ponnekaasuna käytetty dimetyylieetteri. Etanolissa on alkoholin hydroksyyliryhmä –OH, ja dimetyylieetterissä on eetterin toiminnallinen ryhmä –O–. Etanoli ja dimetyylieetteri ovat toistensa funktioisomeerejä, mutta hiilivetyrungossa oleva toiminnallinen ryhmä aiheuttaa niille huomattavan erilaiset ominaisuudet.

Etanoli ja dimetyylieetteri ovat funktioisomeerejä.