Oppilaan siirtyminen sairaalakouluun tapahtuu yhteistyössä huoltajien sekä sairaalakoulun henkilöstön kanssa. Luokanopettaja tai luokanvalvoja kerää tiedon, missä vaiheessa oppilaan opinnot ovat hänen siirtyessään sairaalakouluun ja toimittaa tiedot sovitulla tavalla sairaalakouluun. Huoltajien luvalla voidaan siirtää tieto oppilaan saamasta tuesta sairaalakouluun. Tarvittaessa opetus järjestetään osastohoidossa olevalle tai oppivelvollisuus keskeytetään määräaikaisesti.

Oppilaan siirtyessä takaisin omaan kouluun suunnitellaan paluu huoltajien ja sairaalakoulun henkilöstön kanssa. Jos sairaalakoulujakso on jaettu useaan lyhyeen jaksoon, koulu tekee tiivistä yhteistyötä oppilaan opintojen turvaamiseksi.

Konsultatiivista sairaalaopetuspalvelua hyödynnetään riittävän aikaisessa vaiheessa ennen kuin oppilaan tilanne on ehtinyt kriisiytyä. Konsultaatiopalaveriin pyydetään tarpeen mukaan esimerkiksi oppilasta opettavat opettajat, koulunkäynninohjaaja, opetuksen tuen päällikkö, rehtori ja opiskeluhuollon henkilöstöä. Palaverissa sovitaan konkreettisista, oppilasta ja henkilöstöä tukevista toimenpiteistä, yhteistyön muodoista sekä seurannasta.