Useimmat ihmisen ulkoiset ominaisuudet eivät ole yhden geenin aiheuttamia. Esimerkiksi ihon, hiuksien ja silmien väriin vaikuttaa useita geenejä. Lisäksi monet eri geenien alleelit voivat vaikuttaa toisiinsa. Eri geenit voivat myös periytyä yhdessä, jos ne sijaitsevat lähekkäin samassa kromosomissa. Tällaisia geenejä kutsutaan kytkeytyneiksi.

Suvullisen lisääntymisen seurauksena jälkeläisillä esiintyy geeniyhdistelmiä, joita ei ole niiden vanhemmilla. Tämä johtuu geneettisestä rekombinaatiosta. Rekombinaatiota saavat suvullisessa lisääntymisessä aikaan vastinkromosomien sattumanvarainen jakautuminen sukusoluihin meioosin vähennysjaon aikana sekä tekijäinvaihdunta. Lisäksi sukusolujen sattumanvarainen yhdistyminen hedelmöityksessä ja lisääntymiskumppanin valinta saavat aikaan uusia ominaisuusyhdistelmiä.