2.1. Perusasetuksien muokkaaminen
Abitti-ympäristön oletusvalinnat
Rakenteen (Structure) osalta oletusvalinnat ovat:
MarvinSketch: Reaktioyhtälön piirtämisen aikana (reaktionuolta piirrettäessä) ikkunaan ilmestyy reaktioyhtälön plus-merkki. Saattaa aiheuttaa yllättäviä merkintöjä, joten kannattaa jättää valitsematta. Reaktioyhtälön plus-merkin voi aina lisätä tekstityökalulla.Yleiset asetukset (General settings): Molekyylin vapaan elektroniparin näyttäminen määritellään View-valikossa. Tässä voidaan määritellä se, näytetäänkö ko. vapaa elektronipari pisteparilla tai paria kuvaavalla viivalla.
Hiiliatomien merkintätapa (Carbon Labels): Hiili-atomin piirtämisellä määritetään valinta, tehdäänkö täydellinen rakennekaava (jossa näkyvät sekä atomien kemialliset merkit että niiden väliset sidokset) vai viivakaava, jossa näytetään vain heteroatomit sekä niiden että erityistapauksien vedyt (aldehydi, asymmetrinen hiili). Suosittelen ”Never”-valintaa, koska se johtaa selkeään viivakaava-malliin.
Ensimmäinen molekyyli - rungon rakentaminen
Katso ohjelmassa käytettävät valikot lyhyesti. Käyttöliittymässä on valikoita
1. vaakavalikko, jossa on alasvetovalikoita sisältäen erilaisia toiminnallisuuksi
2. vasen pystyvalikko, jossa on molekyylien rakentamiseen liittyviä valintoja
3. oikea pystyvalikko, josta voi valita haluamansa alkuaineen rakennusosaksi
Valikoiden esittelyä omilla sivuillaan. Nyt rakennetaan ensimmäinen molekyyli.
Piirretään 1.butanoli C4H10O.
1. Valitaan oikeasta pystyvalikosta hiili, C.
2. Klikataan piirtoaluetta, jossa siihen ilmestyy C-merkki. Kolme muuta hilltä saadaan vetämällä tehdystä hiilestä eteenpäin hiirellä. Toisin päin tehtyä se, saattaa jättää hiiliatomin erilleen.
3. Happi lisätään ensimmäisestä hiilestä (jos oikeat alkuvalinnat, vety tulee automaattisesti happeen mukaan, kts. perusasetukset).
3. Korjataan rakenne (Structure | Clean 2D | Clean in 2D)
Perusasetukset (kts. MarvinSketchin - Abitin - perusasetukset) antavat hieman poikkeuksellisen kuvan molekyylistä.
Alla olevassa kuvassa on perusasetuksilla saatu 2-butanolin molekyylin kuva. Kuva ei ole valmis (vaikka ohjelma niin väittääkin). Kuvaa on korjattava muuttamalla perusasetuksia. Tosin ensin on päätettävä, halutaanko piirtää täydellisiä rakennekaavoja vain viivakaavoja. Tämä yleensä selviää tehtävänannosta, mutta yleisesti ajatellaan piirrettävän molekyyleistä viivakaavoja (myös YTL käyttää niitä).
1. vaakavalikko, jossa on alasvetovalikoita sisältäen erilaisia toiminnallisuuksi
2. vasen pystyvalikko, jossa on molekyylien rakentamiseen liittyviä valintoja
3. oikea pystyvalikko, josta voi valita haluamansa alkuaineen rakennusosaksi
Valikoiden esittelyä omilla sivuillaan. Nyt rakennetaan ensimmäinen molekyyli.
Piirretään 1.butanoli C4H10O.
1. Valitaan oikeasta pystyvalikosta hiili, C.
2. Klikataan piirtoaluetta, jossa siihen ilmestyy C-merkki. Kolme muuta hilltä saadaan vetämällä tehdystä hiilestä eteenpäin hiirellä. Toisin päin tehtyä se, saattaa jättää hiiliatomin erilleen.
3. Happi lisätään ensimmäisestä hiilestä (jos oikeat alkuvalinnat, vety tulee automaattisesti happeen mukaan, kts. perusasetukset).
3. Korjataan rakenne (Structure | Clean 2D | Clean in 2D)
Perusasetukset (kts. MarvinSketchin - Abitin - perusasetukset) antavat hieman poikkeuksellisen kuvan molekyylistä.
Alla olevassa kuvassa on perusasetuksilla saatu 2-butanolin molekyylin kuva. Kuva ei ole valmis (vaikka ohjelma niin väittääkin). Kuvaa on korjattava muuttamalla perusasetuksia. Tosin ensin on päätettävä, halutaanko piirtää täydellisiä rakennekaavoja vain viivakaavoja. Tämä yleensä selviää tehtävänannosta, mutta yleisesti ajatellaan piirrettävän molekyyleistä viivakaavoja (myös YTL käyttää niitä).