Rakenteen (Structure) osalta oletusvalinnat ovat:

MarvinSketch: Reaktioyhtälön piirtämisen aikana (reaktionuolta piirrettäessä) ikkunaan ilmestyy reaktioyhtälön plus-merkki. Saattaa aiheuttaa yllättäviä merkintöjä, joten kannattaa jättää valitsematta. Reaktioyhtälön plus-merkin voi aina lisätä tekstityökalulla.

Yleiset asetukset (General settings): Molekyylin vapaan elektroniparin näyttäminen määritellään View-valikossa. Tässä voidaan määritellä se, näytetäänkö ko. vapaa elektronipari pisteparilla tai paria kuvaavalla viivalla.

Hiiliatomien merkintätapa (Carbon Labels): Hiili-atomin piirtämisellä määritetään valinta, tehdäänkö täydellinen rakennekaava (jossa näkyvät sekä atomien kemialliset merkit että niiden väliset sidokset) vai viivakaava, jossa näytetään vain heteroatomit sekä niiden että erityistapauksien vedyt (aldehydi, asymmetrinen hiili). Suosittelen ”Never”-valintaa, koska se johtaa selkeään viivakaava-malliin.