Katso ohjelmassa käytettävät valikot lyhyesti. Käyttöliittymässä on valikoita 
1. vaakavalikko, jossa on alasvetovalikoita sisältäen erilaisia toiminnallisuuksi
2. vasen pystyvalikko, jossa on molekyylien rakentamiseen liittyviä valintoja
3. oikea pystyvalikko, josta voi valita haluamansa alkuaineen rakennusosaksi

Valikoiden esittelyä omilla sivuillaan. Nyt rakennetaan ensimmäinen molekyyli. 
Piirretään 1.butanoli C₄H₁₀O.

1. Valitaan oikeasta pystyvalikosta hiili, C. 
2. Klikataan piirtoaluetta, jossa siihen ilmestyy C-merkki. Kolme muuta hilltä saadaan vetämällä tehdystä hiilestä eteenpäin hiirellä. Toisin päin tehtyä se, saattaa jättää hiiliatomin erilleen.
3. Happi lisätään ensimmäisestä hiilestä (jos oikeat alkuvalinnat, vety tulee automaattisesti happeen mukaan, kts. perusasetukset).
3. Korjataan rakenne (Structure | Clean 2D | Clean in 2D)
Perusasetukset (kts. MarvinSketchin - Abitin - perusasetukset) antavat hieman poikkeuksellisen kuvan molekyylistä. 
Alla olevassa kuvassa on perusasetuksilla saatu 2-butanolin molekyylin kuva. Kuva ei ole valmis (vaikka ohjelma niin väittääkin). Kuvaa on korjattava muuttamalla perusasetuksia. Tosin ensin on päätettävä, halutaanko piirtää täydellisiä rakennekaavoja vain viivakaavoja. Tämä yleensä selviää tehtävänannosta, mutta yleisesti ajatellaan piirrettävän molekyyleistä viivakaavoja (myös YTL käyttää niitä).