File-valikossa huomion voi kiinnittää kolmeen kohtaan:
1. New eli työskentely käynnistetään työpöydän tyhjentämisellä (Clear Desk) tai uuden ikkunan (New Window) avaamisella. Tämä jälkimmäinenmahdollistaa työskentelyn useamman molekyylien kanssa (huomioi, että samat Edit | Preferences -valinnat pätevät kaikissa ikkunoissa). 



2. Save As... eli millä tiedostomuodolla tiedoston tallentaa (aina kannattaa tallentaa eri vaiheita - voivat olla hyödyllisiä myöhemmissä piirrostehtävissä). Suositellaan ohjelman omaa tiedostomuotoa (.mrv), mutta tässä on mahdollista tallentaa eräiden muiden kemian mallinnusohjelmien käyttämässä mol-tiedostomuodossa (MDL Molfile). MarvinSketch -tiedostoja kannattaa välillä tallentaa, jotta mahdollisissa ohjelman jähmettyessä kaikki työ ei menisi hukkaan.

Tallennusmuodot:



3. Find Structure Online eli valmiiden tietokantojen käyttö valmiiden rakenteiden ja mallien löytämiseksi (näistä kappale erikseen).



4. Recent eli aikaisempien töiden valikosta voit poimia edelliset työt (jos esim. tallennuspaikka jäi epäselväksi tai on unohtunut).