Valikosta tärkeitä kohtia ovat Implicit Hydrogens -kohta, joka käsitelty jo perusasetuksien yhteydessä (valitaan On Hetero, jos pyrimme käyttämään viivakaavoja). Advanced -kohdassa työstetään mm. vapaiden elektroniparien näkymää (Lone Pairs) ja sidospituuksia.
Rakenteita voidaan näyttää eri tavoin Structure Display -kohdasta (joskin tämä ei ole mielekäs, vaan normaalisti käytetään tässä tilanteessa 3D-malleja MarvinSpace-ominaisuuden kautta).
Valikoiden rakenne vaihtelee riippuen View | Editor Style -valinnasta. Jos asennuksiin on vahingossa tullut View Mode päälle, valikot ovat erilaiset ja paluu onnistuu View | Configurations -valikosta.