Structure-valikossa on on erilaisia rakenteeseen ja siitä aiheutuviin asioihin (esim. nimet) liittyviä valintoja. Kohdat Structure to Name ja Name to Structure käsitellään kohdassa 5. Yhdisteiden nimeäminen. 

Stucture -alasvetovalikko

Stucture -valikon "siivoustoimet".
	Clean in 2D -valinta järjestää molekyylin rakenteen lähemmäksi oikeaa rakennetta.  Tässä kohdassa on mahdollista valita vety näkyviin kiraalisen hiilen kohdalla (helpottaa rakenteen hahmottamista).
	Add -kohdassa lisätään täydellisen rakennekaavan puuttuvat vedyt sidosviivoineen.
	Remove -kohdassa voidaan piilottaa edellisessä kohdassa lisätyt vedyt.

Stucture | Aromatic Form -kohdassa voidaan muokata aromaattisen rakenteen omaavan molekyylin muotoa (Kekulé -muodon ja aromaattisen muodon välillä).