Häikäilemätön Napoleon halusi saada koko Euroopan haltuunsa. Niinpä Napoleon painosti Venäjän keisari Aleksanteri I:stä liittymään Ison-Britannian vastaiseen kauppasaatoon. Vastapalveluksena Napoleon lupasi tukea Venäjää saamaan Turkin alueita itselleen. Aleksanteri I tarttui houkuttelevaan tarjoukseen ja lupasi pakottaa myös Ruotsin mukaan kauppasaartoon. 

Ruotsin hallitsija Kustaa IV Aadolf ei kuitenkaan suostunut tähän. Siksi Napoleon vaati Venäjää hyökkäämään Suomeen ja viemään Suomen Ruotsilta. Aleksanteri ei olisi halunnut hyökätä Suomen köyhiin erämaihin, mutta joutui taipumaan Napoleonin painostuksesta.

Suomen armeija oli huonosti varustautunut. Tärkeimmät linnoitukset Viapori (Helsinki) ja Svartholma (Loviisa) oli kuitenkin miehitetty. Ruotsista luvattiin lähettää apuja Suomeen, kunhan jäät sulaisivat. Ylipäällikkö Klingspor tuli myös Ruotsista johtamaan Suomen puolustusta. Ohjeiden mukaan suomalaisten piti perääntyä Pohjanmaalle eikä linnoituksia saanut luovuttaa venäläisille. 
Siikajoella käytiin sodan ensimmäinen varsinainen taistelu huhtikuussa 1808. Suomi voitti taistelun ja siitä saatiin lisää uskoa omiin kykyihin. 
Yllättäen Viaporin päällikön amiraali C. O. Cronstedt luovutti Viaporin linnoituksen venäläisille, koska apua Ruotsista ei tullutkaan sovitusti. Cronstedt tuomittiin maanpetturina ja myös Kustaa IV Aadolf syöstiin vallasta. Suomen sota päättyi 17.9.1809 Haminan rauhaan. Tällöin Suomi liitettiin Venäjään.