Vihollinen iski kolmena kiilana Suomeen. Venäjän sotasuunnitelman mukaisesti yksi kiila ottaisi hallintaansa Viaporin ja Turun, toinen Hämeenlinnan ja kolmas Savon. Ruotsalaiset omaksuivat vetäytymistaktiikan jättäen puolustuksen Svartholman ja Viaporin linnoituksille. Näistä linnoituksista lähdettäisiin kevään tultua vastahyökkäykseen kun pääarmeija tulisi Ruotsista.

Perääntyminen tapahtui osin suuressa epäjärjestyksessä. Venäläisten saavuttua Helsinkiin maaliskuun alussa pataljoonan komentaja pakeni reellä Viaporiin ja hänen joukkonsa hajaantuivat kukin minnekin. Ladatut tykit kaupungin porteilla joutuivat käyttämättöminä venäläisille. Ruotsin joukot vetäytyivät lopulta pakokauhun vallassa Pohjanmaalle saakka ja Venäjä valtasi koko Etelä-Suomen maaliskuun aikana miltei ongelmitta.

Huhtikuussa Ruotsi sai tärkeitä voittoja Siikajoella ja Revonlahdella, jotka vahvistivat sotilaiden mielialaa. Kevät oli tullut ja nyt oli suunnitelman mukaisesti tarkoitus ryhtyä valtaamaan Suomea takaisin. Vaikka Svartholman linnoitus oli menetetty jo aikaisemmin miltei taisteluitta, vasta Viaporin häpeällinen antautuminen toukokuussa lamaannutti taistelutahdon armeijan keskuudessa. Sodan ensimmäinen suuri taistelu Oravaisissa syyskuussa sinetöi Venäjän voiton ja aselepo solmittiin marraskuussa 1808 Olkijoella.

Sodan alussa suomalaiset olivat luottaneet Ruotsin kykyyn puolustaa Suomea. Henki oli katossa sotilaiden keskuudessa ja puolustahto suuri. Kuningasmielinen rahvas avasi Pohjanmaalla piilotetut ruokavarantonsa Klingsporin miehille tämän niitä pyytäessä. Rannikolla talonpojat katkoivat venäläisten yhteyksiä, mikä vaikeutti suuresti armeijan huoltoa. Vaikka miehittäjä oli yleisesti käyttäytynyt kurinalaisesti siviiliväkeä kohtaan, tällaiset toimet kyllä kostettiin kunnolla. Ylemmät säädyt sen sijaan olivat kääntymässä yhteistyöhön Venäjän kanssa. Heidän mielestään Ruotsi oli jättänyt Suomen oman onnensa nojaan vihollisen edessä.

Varsinaiset taistelu jäivät sodassa vähäisiksi. Sotilaiden voimia veivät sen sijaan pitkät marssit sekä sairaudet. Miehiä menehtyi enemmän tauteihin kuin sotatantereelle. Elokuussa 1808 sairaaksi kirjattiin 2 600 miestä, joista vain 471 oli haavoittunut taistelussa. Vuoden 1809 alussa kuoli Tornion alueella kahdessa kuukaudessa yli 2000 miestä puna- ja lavantautiin sekä kuumetauteihin. Lääkäreitä oli vähän eikä lääkkeitä juuri lainkaan. Paikalliset myivät viinaa sotilaille, jota käytettiin ensiapuun ja tautien ehkäisyyn. 
https://peda.net/id/9ae86ef6f02