Johdanto
Vesihometutkimusta 2019-2021
Yhteistyöhanke Ruokaviraston, Åbo Akademin ja Jyväskylän yliopiston kanssa, jossa selvitetään bakteerien merkitys vesihomeen esiintymisessä ja vesihomeen sekä bakteerien PCR-tunnistusmenetelmät.
Vesihome
Kyseessä leväsieni, eli oomykeetti. Makeissa vesissä tavataan useita vesihomelajeja ympäri maailmaa. Lajit voivat olla vesieliöille harmittomia, saprofyyttejä tai patogeenejä. Leväsienellä on monivaiheinen suvuton ja suvullinen elinkierto.
Vedessä liikkuvat itiöt säilyvät ja leviävät hyvin makeissa vesissä.
Suvuton ja suvullinen elinkierto:
Kuva: Moisio. 2021. Pro gradu; Mueller, George J. - University of Washington, Salmon Saprolegniasis,
Report to Bonneville Power Administration, Contract No. 1990BP02836, Project No. 199006100,
266 electronic pages (BPA Report DOE/BP-02836-1), mukaan
Lohikalojen vesihomeet
Yleisimmin lohikaloista eristetään Saprolegnia-suvun vesihomeita --> Saprolegnioosi. Lohikaloista eristetyt Saprolegnia lajit vaihtelevat jonkin verran paikan ja ajankohdan mukaan. Saprolegnia parasitica on yleisin lohikaloissa tavattu vesihome ympäri maailmaa --> opportunisti patogeeni. Mätimunissa tavataan yleisimmin Saprolegnia diclina vesihomelaji, saprofyytti.
Lohikaloista eristetyt vesihomelajit (%), Kanada:
Vesihome kalassa
Kaloihin tarttuessa vesihomeet kasvavat hyyfinä, joka näkyy kalan pinnalla pumpulimaisena vaaleana kasvustona. Diagnoosi tehdään usein makroskooppisesti ja/tai histologisesti. Vesihomesukuja määritetään mikroskooppisesti ja lajeja sekvensoimalla -> kaloista voidaan eristää useita vesihomelajeja samassa tautitapauksessa. Vesihomeinfektion taustalla on usein altistavia tekijöitä.
Vesihometta kalan iholla:
Kuva: Satu Viljamaa-Dirks
Vesihometta kalojen pyrstöissä:
Kuva: Satu Viljamaa-Dirks
Voiko vesihomeen tunnistaa jo ennen kuin se näkyy kalassa?
Vesihomeen tunnistaminen vedestä voidaan toteuttaa mikrobiologisilla menetelmillä:
Saprolegnia vesihomeen tunnistaminen molekyylibiologisilla menetelmillä
PCR (polymeraasiketjureaktio) monistaa eliölle ominaista geenituotetta --> vesihomelajin tunnistaminen. Kvantitatiivinen reaaliaika PCR (qPCR) arvioi monistuneen geenituotteen määrää näytteessä --> vesihomelajin määrä vesinäytteessä (eDNA).
Saprolegnia lajeille ei täysin spesifistä PCR tunnistusmenetelmää ole kehitetty --> Saprolegnia lajit ovat geneettisesti hyvin lähellä toisiaan, myös taksonominen luokittelu usein haasteellista. Suunniteltiin lohikaloista eristetyistä S. parasitica lajien ITS –geenialueen tiedoista kohta, joka tunnistaa S. parasitica kannat, joita esiintyy lohikaloissa:
Saprolegnia parasitica tunnistus vesinäytteistä eri menetelmillä
Lohikalojen Saprolegnia parasitica vesihomeen tunnistaminen kalanviljelylaitosten vedestä
S. parasitica tunnistaminen ja määrät kalanviljelylaitoksilla:
Huomionarvoista vesihomeen määrän arvioinnissa vesinäytteissä
PCR-menetelmä on sensitiivinen tunnistamaan lohikaloista eristetyn S. parasitica vesihomeen myös vedestä. PCR-menetelmä tunnistaa myös kuolleet itiöt. Lisää tutkimusta tarvitaan arvioimaan veden itiömäärän merkitystä kalojen vesihomeinfektioon, niin että riskitekijöiden merkitys (lämpötila, kalalaji jne.) myös huomioidaan. Luotettava itiömäärien arviointi tärkeää arvioitaessa infektiopainetta, kylvetysten ajankohtaa ja tehokkuutta kala-altaissa.
S. arasitica kalanviljelylaitoksilla
Yksi vesihomeinen kala voi erittää yli 100 000 vesihomeitiötä minuutissa --> vesihomeisten kalojen poisto välittömästi altaasta ja vesihomeisten kalojen siirtelyä tulee välttää.
Lähde ja lisää aiheesta:
Korkea-aho_Vesihomeen-tunnistusmenetelmien-kehittäminen.pdf
Yhteistyöhanke Ruokaviraston, Åbo Akademin ja Jyväskylän yliopiston kanssa, jossa selvitetään bakteerien merkitys vesihomeen esiintymisessä ja vesihomeen sekä bakteerien PCR-tunnistusmenetelmät.
Vesihome
Kyseessä leväsieni, eli oomykeetti. Makeissa vesissä tavataan useita vesihomelajeja ympäri maailmaa. Lajit voivat olla vesieliöille harmittomia, saprofyyttejä tai patogeenejä. Leväsienellä on monivaiheinen suvuton ja suvullinen elinkierto.
Vedessä liikkuvat itiöt säilyvät ja leviävät hyvin makeissa vesissä.
Suvuton ja suvullinen elinkierto:
Kuva: Moisio. 2021. Pro gradu; Mueller, George J. - University of Washington, Salmon Saprolegniasis,
Report to Bonneville Power Administration, Contract No. 1990BP02836, Project No. 199006100,
266 electronic pages (BPA Report DOE/BP-02836-1), mukaan
Lohikalojen vesihomeet
Yleisimmin lohikaloista eristetään Saprolegnia-suvun vesihomeita --> Saprolegnioosi. Lohikaloista eristetyt Saprolegnia lajit vaihtelevat jonkin verran paikan ja ajankohdan mukaan. Saprolegnia parasitica on yleisin lohikaloissa tavattu vesihome ympäri maailmaa --> opportunisti patogeeni. Mätimunissa tavataan yleisimmin Saprolegnia diclina vesihomelaji, saprofyytti.
Lohikaloista eristetyt vesihomelajit (%), Kanada:
Vesihome kalassa
Kaloihin tarttuessa vesihomeet kasvavat hyyfinä, joka näkyy kalan pinnalla pumpulimaisena vaaleana kasvustona. Diagnoosi tehdään usein makroskooppisesti ja/tai histologisesti. Vesihomesukuja määritetään mikroskooppisesti ja lajeja sekvensoimalla -> kaloista voidaan eristää useita vesihomelajeja samassa tautitapauksessa. Vesihomeinfektion taustalla on usein altistavia tekijöitä.
Vesihometta kalan iholla:
Kuva: Satu Viljamaa-Dirks
Vesihometta kalojen pyrstöissä:
Kuva: Satu Viljamaa-Dirks
Voiko vesihomeen tunnistaa jo ennen kuin se näkyy kalassa?
Vesihomeen tunnistaminen vedestä voidaan toteuttaa mikrobiologisilla menetelmillä:
- Vesinäyte elatusaineessa (elatusainemalja, elatusaine kuoppalevy)
- Hampunsiemen
Saprolegnia vesihomeen tunnistaminen molekyylibiologisilla menetelmillä
PCR (polymeraasiketjureaktio) monistaa eliölle ominaista geenituotetta --> vesihomelajin tunnistaminen. Kvantitatiivinen reaaliaika PCR (qPCR) arvioi monistuneen geenituotteen määrää näytteessä --> vesihomelajin määrä vesinäytteessä (eDNA).
Saprolegnia lajeille ei täysin spesifistä PCR tunnistusmenetelmää ole kehitetty --> Saprolegnia lajit ovat geneettisesti hyvin lähellä toisiaan, myös taksonominen luokittelu usein haasteellista. Suunniteltiin lohikaloista eristetyistä S. parasitica lajien ITS –geenialueen tiedoista kohta, joka tunnistaa S. parasitica kannat, joita esiintyy lohikaloissa:
- Tunnistaa lohikaloissa yleisesti esiintyvän Saprolegnia parasitica kannan
- Tunnistaa tietyissä oloissa Saprolegnia ferax kannan
Saprolegnia parasitica tunnistus vesinäytteistä eri menetelmillä
- Kalakokeen kontrolli altaissa ei S. parasitica vesihometta (altistus 1-2)
- Altaiden veteen lisättiin S. parasitica 3x104 itiötä/L (altistus 3-5)
- Vesinäytteet kontrolli (n = 4) ja vesihome (n = 6) altaista päivinä 0, 2, 6 ja 14
- Millään menetelmällä ei vääriä positiivisia (spesifisyys 100 %)
- Menetelmien sensitiivisyys
• Elatusainemalja 29 %
• Elatusainekuoppalevy 25 %
• Hampunsiemen 0 %
• PCR 96 %
Lohikalojen Saprolegnia parasitica vesihomeen tunnistaminen kalanviljelylaitosten vedestä
- S. parasitica määrät erilaisten kalanviljelylaitosten kala-altaiden vesinäytteissä?
- Näytteitä keväällä/kesällä 2020
- Neljältä eri laitokselta, viisi näytteenottokertaa, sekä Kallaveden Savilahdesta, jossa ei läheisyydessä
kalanviljelylaitoksia - Jokaiselta laitokselta tutkittiin vesinäytteet kolmesta kala-altaasta, viisi kalaa/allas, silmämääräinen arvio
vesihomeisten kalojen määrästä altaissa
S. parasitica tunnistaminen ja määrät kalanviljelylaitoksilla:
Huomionarvoista vesihomeen määrän arvioinnissa vesinäytteissä
PCR-menetelmä on sensitiivinen tunnistamaan lohikaloista eristetyn S. parasitica vesihomeen myös vedestä. PCR-menetelmä tunnistaa myös kuolleet itiöt. Lisää tutkimusta tarvitaan arvioimaan veden itiömäärän merkitystä kalojen vesihomeinfektioon, niin että riskitekijöiden merkitys (lämpötila, kalalaji jne.) myös huomioidaan. Luotettava itiömäärien arviointi tärkeää arvioitaessa infektiopainetta, kylvetysten ajankohtaa ja tehokkuutta kala-altaissa.
S. arasitica kalanviljelylaitoksilla
Yksi vesihomeinen kala voi erittää yli 100 000 vesihomeitiötä minuutissa --> vesihomeisten kalojen poisto välittömästi altaasta ja vesihomeisten kalojen siirtelyä tulee välttää.
Lähde ja lisää aiheesta:
Korkea-aho_Vesihomeen-tunnistusmenetelmien-kehittäminen.pdf