Aineopettajaliitto antaa lausuntoja ajankohtaisista koulutuspoliittisista asioista (kuten tuntijaoista ja opetussuunnitelmien perusteista) Tarvittaessa Aineopettajaliitto ry antaa asiantuntijalausuntoja eduskunnan sivistysvaliokunnalle sekä opetusministeriön ja opetushallituksen työryhmille. Vuosittain Aineopettajaliitto ry järjestää laajan seminaarin, jossa käsitellään ajankohtaisia koulutuspoliittisia kysymyksiä.

Yhteistyössä OAJ:n kanssa Aineopettajaliitto järjestää jäsenliittojensa puheenjohtajille ns. puheenjohtajatapaamisen, jossa OAJ:n puheenjohtaja sekä OAJ:n erityisasiantuntijat keskustelevat yhdessä liittojen puheenjohtajien kanssa ajankohtaisista koulutukseen liittyvistä asioista.

Aineopettajaliitto ry edistää eri liittojen välistä yhteistyötä järjestämällä yhteistapaamisia ja neuvottelutilaisuuksia sekä julkaisee kannanottoja kaikkia aineopettajia yhteisesti koskevista asioista. Aineopettajaliitto ry esittelee toimintaansa koulutusalan messuilla, eri julkaisuissa ja www-sivuillaan. Aineopettajien etujen ajamiseksi pyritään vaikuttamaan OAJ:n valtuuston, OAJ:n hallituksen ja sen eri toimikuntien tekemiin päätöksiin.

Aineopettajaliitto ry:n korkeinta päätösvaltaa käyttää yhdistyksen kokous, joka kokoontuu kerran vuodessa. Jäsenyhdistyksiä yhdistyksen kokouksessa edustaa yksi henkilö jäsenyhdistyksen alkavaa tuhatta jäsentä kohti.

Aineopettajaliitto ry:n toimintaa johtaa hallitus, joka kokoontuu noin 10 kertaa vuodessa.

Hallituksella on peruskoulu- ja lukiotoimikunta, jotka valmistelevat peruskouluun ja lukioon liittyviä asioita hallituksen käsiteltäväksi.

Kokouksiinsa hallitus kutsuu asiantuntijajäseniä OAJ:n valtuustosta, OAJ:n hallituksesta, Pedagogisten Opettajajärjestöjen Edustajistosta (POE) ja Suomen opettajaksi opiskelevien liitosta (SOOL). Lisäksi 45 aineopettajavaltuutettua on hoitamassa opettajien edunvalvontaa OAJ:n 150 hengen valtuustossa.