Yhteistyö koulun sisällä organisoidaan vuosisuunnittelussa ja koulun opettajien yhteisissä palavereissa. Yhteistoimintatunteja pidetään yhtenäiskoulussa koko opettajakunnalle ja/ tai tarpeen vaatiessa myös erikseen 1-6 -luokkien ja 7-9 -luokkien opettajille. Palavereissa ovat mukana myös koulunkäynnin ohjaajien edustajat.

Koulun toimintakulttuuri on avoin, vuorovaikutteinen sekä oppilaiden ja heidän huoltajiensa osallistamista arvostava. Huoltajat osallistuvat koulun toimintaan mm. yleisurheilukisoissa, jolloin vanhemmat ovat seuraamassa kisoja tai vanhempainyhdistyksen kautta työskentelemässä kisoissa . Pyhännän koulussa järjestetään vanhempainiltoja muutaman kerran lukuvuodessa, mm. syksyllä koko koulun vanhempainilta sekä marraskuussa yhdeksännen luokan vanhemmille ja oppilaille tarkoitettu jatkokoulutusvanhempainilta. Keväällä on pidetty valinnaisaineista vanhempainilta seitsemännen luokan vanhemmille.

Yhteistyö kunnan muiden organisaatioiden ja koulun ulkopulisten toimijoiden kanssa koordinoidaan pääsääntöisesti rehtorin kautta. Tapauskohtaisesti päätetään yhteistyön tavat ja yhteistyön toteuttajat sekä yhteyshenkilöt. Yhteistyöstä tiedotetaan tarpeen mukaan koko henkilöstöä.