MarvinSpace - Fermium- ja sitä vanhempien versioiden lisäosa

MarvinSpace 3D - ei enää osana uusimpia MarvinSketch-versioita

Uusimmissa MarvinSketch-versioissa ei ole mukana MarvinSpace-lisäosaa (ei myöskää Abitin tuoreimmassa versioissa). Jos ja kun on tarve saada hyödynnettyä MarvinSpace-ohjelman ominaisuuksia (sidospituuksia, sidoskulmia), tässä on olemassa kaksi vaihtoehtoa:

1. MarvinSpace erillisenä ohjelman


MarvinSpace-lisäosan asentaminen erillisenä ohjelmana. Linkki (MarvinSpace 17.2.27.0) 



Käyttämällä ko. ohjelmaa, on mahdollista avata sen sisältä MarvinSketch (em. versio)
   

2. Aiemman MarvinSketch-version asentaminen


Toinen vaihtoehto on sellaisen MarvinSketch-version asentaminen, jossa on mukana MarvinSpace.

MarvinSpacen ympäristön avaaminen (vanha MarvinSketch-versio)

MarvinSpace on MarvinSketch-ohjelma apuohjelma (Java-pohjainen). Sillä voidaan tuottaa MarvinSketch-ohjelmalla piirretyistä molekyyleistä 3D-malleja. Toiminto on mahdollista asentaa myös ikoniksi, mutta prosessi on monimutkainen (kirjassa tämä on ohjeistettu opettajia varten). Käytännössä on hyödyllistä opetella näppäinkomento: ctrl+shift+M.

MarvinSpace kääntää 3D-malliin kaikki pöydälle olevat molekyylit. Kannattaa hakea mielekäs asetelma, jos halutaan verrata eri molekyylejä 3D-ympäristössä. Siirtäminen ja erikseen pyörittäminen ei onnistu MarvinSpace-ympäristössä eli uuden asetelman rakentaminen on helppoa tehdä palaamalla 2D-ympäristöstään ja järjestää molekyylit siellä.

Liitteet:

MarvinSpace

Perustoiminnot - Sidoskulmat ja sidospituudet

MarvinSpace kääntää 3D-malliin kaikki pöydälle olevat molekyylit. Kannattaa hakea mielekäs asetelma, jos halutaan verrata eri molekyylejä 3D-ympäristössä. Siirtäminen ja erikseen pyörittäminen ei onnistu MarvinSpace-ympäristössä eli uuden asetelman rakentaminen on helppoa tehdä palaamalla 2D-ympäristöstään ja järjestää molekyylit siellä.

Jos siirryttyä 3D-malliin vedyt eivät näy, vaakavalikosta haetaan kohta (vaalean vihreä pallo ja pieni harmaa pallo), jolla ne saadaan näkyviin.

Jos valikko ei tule näkyviin. se on jäänyt mustan alueen taakse. Tällöin sulje ikkuna ja avaa uudelleen MarvinSpace, vältä mustan alueen klikkaamista.
MarvinSpace -ohjelmassa voi pyörittää molekyylejä. Animation-valinta mahdollistaa myös automaattisen rotaation (Auto Rotation).

Seuraavassa muutamia esimerkkejä ja MarvinSpace-ohjelman mahdollistamat lisätoiminnot (sidoskulmat, sidospituudet ja elektronitiheyskuvat).

Sidoskulman saa näkyviin valitsemalla toisen painikkeen (toinen vasemmalta) ja klikkaamalla kolme vierekkäistä atomia.

Sidoskulmat ovat laskennallisia, eivät todellisia. Sidoskulmiin vaikuttaa sidoksen atomien muu ympäristö, sen vuoksi sidoskulmat eivät noudata esim. VSEPR-teorian mukaisia sidoskulmia.
Vastaavasti sidospituuden saadaan ensimmäisestä painikkeesta. Sidospituuden on merkitty vanhalla yksiköllä eli Ångströmillä (10−10 m eli 0,1 nm eli 100 pm). Yksikkö on nimetty ruotsalaisen fyysikon Anders Jonas Ångströmin mukaan

Elektronitiheyskuvat eli pooliton vai poolinen


MarvinSpace-ohjelmassa voidaan näyttää molekyylien poolisuus, tässä eletkronitiheyskuvia, tämän ohjeen mukaan. Tässä on kolme vaihetta:

1. Tuotetaan elektronipilvi (ilmestyy harmaana massana molekyylin ympärille). Aloitetaan valitsemalla Show | Surface | van der Waals.
2. Määritellään em. elektronipilvi läpinäkyväksi. Molekyylin runkorakenne tulee näkyviin. 
3. Väritetään poolisuus erot ”elektrostaattisten potentiaalien” eron perusteella.