MarvinSpace on MarvinSketch-ohjelma apuohjelma (Java-pohjainen). Sillä voidaan tuottaa MarvinSketch-ohjelmalla piirretyistä molekyyleistä 3D-malleja. Toiminto on mahdollista asentaa myös ikoniksi, mutta prosessi on monimutkainen (kirjassa tämä on ohjeistettu opettajia varten). Käytännössä on hyödyllistä opetella näppäinkomento: ctrl+shift+M.

MarvinSpace kääntää 3D-malliin kaikki pöydälle olevat molekyylit. Kannattaa hakea mielekäs asetelma, jos halutaan verrata eri molekyylejä 3D-ympäristössä. Siirtäminen ja erikseen pyörittäminen ei onnistu MarvinSpace-ympäristössä eli uuden asetelman rakentaminen on helppoa tehdä palaamalla 2D-ympäristöstään ja järjestää molekyylit siellä.